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- PDB-5gvs: Crystal structure of the DDX41 DEAD domain in an apo open form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gvs
タイトルCrystal structure of the DDX41 DEAD domain in an apo open form
要素Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ATPase (ATPアーゼ) / DEAD box protein
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cell population proliferation / RNA helicase activity / 細胞分化 ...STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cell population proliferation / RNA helicase activity / 細胞分化 / ヘリカーゼ / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DDX41, DEAD-box helicase domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...DDX41, DEAD-box helicase domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Omura, H. / Oikawa, D. / Nakane, T. / Kato, M. / Ishii, R. / Goto, Y. / Suga, H. / Ishitani, R. / Tokunaga, F. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Analysis of DDX41: a bispecific immune receptor for DNA and cyclic dinucleotide
著者: Omura, H. / Oikawa, D. / Nakane, T. / Kato, M. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Tokunaga, F. / Nureki, O.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41
C: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5554
ポリマ－103,5554
非ポリマー00
水4,197233
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8891
ポリマ－25,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8891
ポリマ－25,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8891
ポリマ－25,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8891
ポリマ－25,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.188, 50.960, 202.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41 / DEAD box protein 41 / DEAD box protein abstrakt homolog


分子量: 25888.863 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 169-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX41, ABS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJV9, ヘリカーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tri-ammonium citrate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.41 Å / Num. obs: 36258 / % possible obs: 76.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
PHENIXモデル構築
MOSFLMデータ収集
MOSFLMデータ抽出
MOSFLMdata processing
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GVR

5gvr


解像度: 2.2→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 8.371 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.298 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27487 1824 5 %RANDOM
Rwork0.20722 ---
obs0.21071 34370 76.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20 Å2-0.38 Å2
2---1.42 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6473 0 0 233 6706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.9978828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02315462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9975820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4422.5248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.989151298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1571556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9442.2853298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9432.2853297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3963.4194112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3963.4194113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9912.5813285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9912.5813286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3753.7384716
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.05327.1117142
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.04227.0877096
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 120 -
Rwork0.279 2536 -
obs--76.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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