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万見
- PDB-5gvj: Structure of FabK (M276A) mutant from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gvj
タイトルStructure of FabK (M276A) mutant from Thermotoga maritima
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN]
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FabK / Enoyl-ACP reductase II (エノイル(アシル輸送タンパク質)レダクターゼ (NADH))
機能・相同性
機能・相同性情報


nitronate monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II, putative / ニトロン酸モノオキシゲナーゼ / ニトロン酸モノオキシゲナーゼ / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitronate monooxygenase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, E.E. / Shin, S.C. / Ha, B.H. / Moon, J.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
NRF 20110021713 韓国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Structural and biochemical characterization of FabK from Thermotoga maritima.
著者: Ha, B.H. / Shin, S.C. / Moon, J.H. / Keum, G. / Kim, C.W. / Kim, E.E.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3564
ポリマ－67,3102
非ポリマー462
水4,882271
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3564
ポリマ－67,3102
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_857-x+3,y,-z+21
Buried area4640 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
2
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN]
ヘテロ分子

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3564
ポリマ－67,3102
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
Buried area4210 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.096, 115.129, 67.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [FMN] / Uncharacterized protein


分子量: 33654.918 Da / 分子数: 2 / 変異: M276A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0800, Tmari_0801 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WZQ7, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 8.0), 150 mM NaCl, 1 mM DTT 1 mM FMN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 48755 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000data processing
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GVH

5gvh


解像度: 1.9→34.649 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.56 / 位相誤差: 20.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 1999 4.26 %
Rwork0.1806 --
obs0.1817 46921 96.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.78 Å2 / Biso mean: 24.8873 Å2 / Biso min: 5.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→34.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4414 0 2 271 4687
Biso mean--18.3 27.17 -
残基数----591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8296041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7392731
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8996-1.94710.28271360.23023050318692
1.9471-1.99970.27221380.2063111324993
1.9997-2.05860.22961380.19023104324294
2.0586-2.1250.21141410.17823139328095
2.125-2.20090.20221400.17243166330696
2.2009-2.2890.21611430.17713208335196
2.289-2.39320.23861410.17883174331596
2.3932-2.51930.23621420.18933217335996
2.5193-2.67710.21931440.19283225336997
2.6771-2.88370.24131460.20123285343198
2.8837-3.17370.21221450.19993259340498
3.1737-3.63260.20171480.17553311345999
3.6326-4.5750.16491480.15493312346099
4.575-34.65470.17471490.16833361351099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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