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- PDB-5gtw: The N253R mutant structures of trehalose synthase from Deinococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gtw
タイトルThe N253R mutant structures of trehalose synthase from Deinococcus radiodurans display two different active-site conformations
要素Trehalose synthase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Trehalose synthase / Glycoside hydrolase family 13
機能・相同性
機能・相同性情報


マルトースα-D-グルコシル転移酵素 / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
マルトースα-D-グルコシル転移酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Chow, S.Y. / Wei, Y.J. / Liaw, S.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and TechnologyMOST 103-2311-B-010-005 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The N253R mutant structures of trehalose synthase from Deinococcus radiodurans display two different active-site conformations
著者: Chow, S.Y. / Wei, Y.J. / Liaw, S.H.
履歴
登録2016年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose synthase
B: Trehalose synthase
C: Trehalose synthase
D: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,74815
ポリマ－260,1244
非ポリマー62411
水2,792155
1
A: Trehalose synthase
D: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,3137
ポリマ－130,0622
非ポリマー2515
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area38970 Å2
手法PISA
2
B: Trehalose synthase
C: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,4358
ポリマ－130,0622
非ポリマー3736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area37730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.383, 134.058, 197.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Trehalose synthase


分子量: 65030.938 Da / 分子数: 4 / 変異: R97W,N253R,T313I,I380V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
株: R1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I3NX86, マルトースα-D-グルコシル転移酵素
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8% PEG 4000, 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.3 M Tris-HCl (pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→20 Å / Num. obs: 54418 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.91→3.01 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tvu

4tvu


解像度: 2.93→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 22.359 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.474 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26676 2696 5 %RANDOM
Rwork0.18169 ---
obs0.18592 51664 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.53 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----4.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.93→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17628 0 32 155 17815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01918181
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.95524767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85338090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.98552188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37823.205936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.999152768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.45415156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02120860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5595.328767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5535.3198766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6117.97210948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6117.97210949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6195.6289414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6195.6289414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7828.32913820
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.51643.01121049
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.51443.01321040
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.925→2.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 167 -
Rwork0.305 3335 -
obs--85.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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