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- PDB-5gpp: Crystal structure of zebrafish ASC PYD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gpp
タイトルCrystal structure of zebrafish ASC PYD domain
要素Maltose-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / death fold / innate immune signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / : / The NLRP1 inflammasome / Regulation of the apoptosome activity / Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / Neutrophil degranulation / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex ...Formation of apoptosome / : / The NLRP1 inflammasome / Regulation of the apoptosome activity / Pyrin domain binding / NLRP6 inflammasome complex / Neutrophil degranulation / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex / pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / carbohydrate transmembrane transporter activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of inflammatory response / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of apoptotic process / defense response to bacterium / 炎症 / 自然免疫系 / apoptotic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site ...CARD8/ASC/NALP1, CARD domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / 酢酸塩 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jin, T. / Li, Y.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Functional and structural characterization of zebrafish ASC.
著者: Li, Y. / Huang, Y. / Cao, X. / Yin, X. / Jin, X. / Liu, S. / Jiang, J. / Jiang, W. / Xiao, T.S. / Zhou, R. / Cai, G. / Hu, B. / Jin, T.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
B: Maltose-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,21715
ポリマ－102,6982
非ポリマー1,51913
水10,016556
1
A: Maltose-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1208
ポリマ－51,3491
非ポリマー7717
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0987
ポリマ－51,3491
非ポリマー7496
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area22080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.310, 121.280, 176.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Apoptosis-associated speck-like protein containing a CARD / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / PYD and CARD domain-containing protein


分子量: 51349.145 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-384,UNP residues 3-88 / 変異: D83A,K84A,E173A,N174A,K240A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
株: O157:H7 / 遺伝子: malE, pycard / 発現宿主: Bacteria Latreille et al. 1825 (細菌) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q9I9N6
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 20% PEG2000MME, 0.1 M NaAcO

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 493629 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 15.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.255 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2517 3808 2.65 %
Rwork0.2013 --
obs0.2026 143867 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7116 0 95 556 7767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08910024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3274432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9971-2.02240.42721310.43224634X-RAY DIFFRACTION89
2.0224-2.0490.37281450.36375278X-RAY DIFFRACTION100
2.049-2.07710.31511370.3265125X-RAY DIFFRACTION100
2.0771-2.10680.31751450.28965204X-RAY DIFFRACTION100
2.1068-2.13820.31511420.29025292X-RAY DIFFRACTION100
2.1382-2.17160.33251370.27695152X-RAY DIFFRACTION100
2.1716-2.20720.33341410.27125257X-RAY DIFFRACTION100
2.2072-2.24530.29251410.25845225X-RAY DIFFRACTION100
2.2453-2.28610.28651420.24975159X-RAY DIFFRACTION100
2.2861-2.33010.3251390.24815302X-RAY DIFFRACTION100
2.3301-2.37770.28371410.22765162X-RAY DIFFRACTION100
2.3777-2.42930.27691390.23125219X-RAY DIFFRACTION100
2.4293-2.48590.27831420.23035211X-RAY DIFFRACTION100
2.4859-2.5480.3231430.22395207X-RAY DIFFRACTION100
2.548-2.61690.32171400.22355195X-RAY DIFFRACTION100
2.6169-2.69390.32611450.22115298X-RAY DIFFRACTION100
2.6939-2.78080.26051420.21115116X-RAY DIFFRACTION100
2.7808-2.88020.26221450.21255252X-RAY DIFFRACTION100
2.8802-2.99550.2731400.21135205X-RAY DIFFRACTION100
2.9955-3.13180.25841390.21235171X-RAY DIFFRACTION100
3.1318-3.29690.26941440.20795230X-RAY DIFFRACTION100
3.2969-3.50340.23091380.19935201X-RAY DIFFRACTION100
3.5034-3.77380.21851450.17495215X-RAY DIFFRACTION100
3.7738-4.15340.21481380.15295154X-RAY DIFFRACTION99
4.1534-4.75390.19261450.14695219X-RAY DIFFRACTION99
4.7539-5.98750.23151320.1535193X-RAY DIFFRACTION99
5.9875-47.26810.17211500.16975183X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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