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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fen | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Q108K:K40L:T53C mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II in complex with All-trans-Retinal after 24 hours of incubation at 1.55 Angstrom Resolution | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / all-trans retinal (レチナール) / retinal light absorbing pigment / wavelength regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Nossoni, Z. / Nosrati, M. / Geiger, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the Q108K:K40L:T53C mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II in complex with All-trans-Retinal after 24 hours of incubation at 1.55 Angstrom Resolution 著者: Nossoni, Z. / Nosrati, M. / Wang, W. / Berbasova, T. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fen.cif.gz | 74.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fen.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fen.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/5fen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/5fen | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2rctS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15584.521 Da / 分子数: 2 / 変異: Q108K, K40L, T53C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P50120 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 30% PEG4000, 0.1M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5 PH範囲: 4-4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 32791 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 32.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 69 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2RCT 解像度: 1.55→28.796 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.052 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.796 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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