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- PDB-5f04: Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f04
タイトルStructure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with compound 3 at 1.84A resolution
要素HTH-type transcriptional regulator EthR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / EthR / repressor (リプレッサー) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5TB / HTH-type transcriptional regulator EthR / HTH-type transcriptional regulator EthR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Surade, S. / Blaszczyk, M. / Nikiforov, P.O. / Abell, C. / Blundell, T.L.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
European Union
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A fragment merging approach towards the development of small molecule inhibitors of Mycobacterium tuberculosis EthR for use as ethionamide boosters.
著者: Nikiforov, P.O. / Surade, S. / Blaszczyk, M. / Delorme, V. / Brodin, P. / Baulard, A.R. / Blundell, T.L. / Abell, C.
履歴
登録2015年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9356
ポリマ－25,2591
非ポリマー6765
水1,31573
1
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,87012
ポリマ－50,5192
非ポリマー1,35210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.790, 121.790, 33.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-438-

HOH

21A-460-

HOH

31A-469-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator EthR


分子量: 25259.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ethR, etaR, MT3970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WMC0, UniProt: P9WMC1*PLUS

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非ポリマー , 5種, 78分子

#2: 化合物 ChemComp-5TB / 3-cyclopentyl-1-[3-[4-(methylaminomethyl)phenyl]-1,3-diazinan-1-yl]propan-1-one


分子量: 329.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N3O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulphate, Glycerol, MES / PH範囲: 6.3 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97943 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→86.12 Å / Num. obs: 22766 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 27.9 / Num. measured all: 286725
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.84-1.8913.30.9084.12220116650.9260.25499.2
8.23-86.129.20.02366.329373190.9990.00899

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å86.12 Å
Translation2.5 Å86.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T56

1t56


解像度: 1.84→54.466 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 1162 5.11 %
Rwork0.1918 21557 -
obs0.1932 22719 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.33 Å2 / Biso mean: 34.8161 Å2 / Biso min: 14.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→54.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1478 0 44 73 1595
Biso mean--49.54 43.55 -
残基数----191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8842159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.515937
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.84-1.92380.28851450.23792606275199
1.9238-2.02520.2851250.21326602785100
2.0252-2.15210.24541610.202326412802100
2.1521-2.31830.22511440.204226442788100
2.3183-2.55160.24091640.196126542818100
2.5516-2.92080.22371400.193127072847100
2.9208-3.67970.20671590.187527262885100
3.6797-54.490.19641240.182429193043100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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