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- PDB-5eup: Structure of the Drosophila melanogaster CP190 BTB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eup
タイトルStructure of the Drosophila melanogaster CP190 BTB domain
要素Centrosome-associated zinc finger protein CP190
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / BTB domain CP190 chromatin insulator centrosome
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear axial expansion / Generic Transcription Pathway / heterochromatin boundary formation / chromatin insulator sequence binding / polytene chromosome band / POZ domain binding / 多糸染色体 / chromatin looping / regulation of cytoskeleton organization / 中心体マトリックス ...nuclear axial expansion / Generic Transcription Pathway / heterochromatin boundary formation / chromatin insulator sequence binding / polytene chromosome band / POZ domain binding / 多糸染色体 / chromatin looping / regulation of cytoskeleton organization / 中心体マトリックス / condensed chromosome / spindle microtubule / microtubule binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 中心体 / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Centrosome-associated zinc finger protein Cp190
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Plevock, K.M. / Galletta, B.J. / Slep, K.C. / Rusan, N.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH R01GM094415 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH T32GM008570 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1ZIAHL006104 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Newly Characterized Region of CP190 Associates with Microtubules and Mediates Proper Spindle Morphology in Drosophila Stem Cells.
著者: Plevock, K.M. / Galletta, B.J. / Slep, K.C. / Rusan, N.M.
履歴
登録2015年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Data collection
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1771
ポリマ－16,1771
非ポリマー00
水1448
1
A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190

A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3532
ポリマ－32,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area3480 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.224, 86.224, 40.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Centrosome-associated zinc finger protein CP190 / Protein enhancer of mod(mdg4)4-1 / dMAP190


分子量: 16176.713 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-135 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues: GSH are a cloning artifact from placing the construct into pET28. Thrombin was used to remove the N-terminal His tag, leaving the N-terminal residues:GSH.
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cp190, E(mod)4-1, CG6384 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(E3) pLysS / 参照: UniProt: Q24478
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Well condition = 1 ml of 20% PEG 3350 (w/v), 160 mM ammonium citrate dibasic. The initial hanging drop contained 2 micro liters of the mother liquor plus 2 micro liters of 15 mg/ml CP190 BTB domain.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98038 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月15日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98038 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.223 Å / Num. obs: 6124 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8_1069位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→28.223 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2593 606 10.17 %Random selection
Rwork0.219 ---
obs0.2233 5958 96.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 0 8 985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.551343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.417366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4999-2.75120.36911390.31671228X-RAY DIFFRACTION91
2.7512-3.14890.29741500.26251350X-RAY DIFFRACTION98
3.1489-3.96550.2771550.23281366X-RAY DIFFRACTION99
3.9655-28.22520.22911620.19061408X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.28861.8811-1.5258.316-6.13024.4747-0.58241.3927-0.5545-1.02270.3121-0.9190.48680.56830.1920.6169-0.29340.0071.2322-0.31460.81618.7818-44.262816.2789
27.60974.6498-1.23348.28414.2665.83820.30920.34171.0261-0.1574-0.26571.0574-0.0463-1.2661-0.15420.5174-0.0451-0.07830.84760.11650.668523.3383-23.52392.6497
38.08011.9964-4.89465.40020.65325.0553-0.06990.394-0.2112-0.22670.1508-0.1766-0.02330.0306-0.18810.5997-0.0735-0.07770.64060.02750.454837.7164-31.99170.2327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 90 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 121 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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