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- PDB-5eib: Crystal structure of CPAP PN2-3 C-terminal loop-helix in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eib
タイトルCrystal structure of CPAP PN2-3 C-terminal loop-helix in complex with DARPin-tubulin
要素
  • Designed ankyrin repeat proteinDARPin
  • Peptide from Centromere protein Jペプチド
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / PN2-3 / Tubulin complex (チューブリン)
機能・相同性
機能・相同性情報


astral microtubule nucleation / centriole elongation / gamma-tubulin small complex / positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of non-motile cilium assembly / positive regulation of centriole replication / motile cilium assembly ...astral microtubule nucleation / centriole elongation / gamma-tubulin small complex / positive regulation of centriole elongation / positive regulation of establishment of protein localization / regulation of centriole replication / procentriole replication complex / positive regulation of non-motile cilium assembly / positive regulation of centriole replication / motile cilium assembly / positive regulation of spindle assembly / microtubule nucleation / non-motile cilium assembly / gamma-tubulin binding / positive regulation of axon guidance / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / smoothened signaling pathway / 微小管 / centriole replication / cilium assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / regulation of mitotic spindle organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cellular response to interleukin-4 / 中心小体 / tubulin binding / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / nervous system development / 微小管 / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein domain specific binding / GTPase activity / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / protein kinase binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / : / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / : / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ankyrin repeat-containing domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Helix Hairpins / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain / Centromere protein J
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, H. / Zheng, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Molecular basis for CPAP-tubulin interaction in controlling centriolar and ciliary length
著者: Zheng, X. / Ramani, A. / Soni, K. / Gottardo, M. / Zheng, S. / Ming Gooi, L. / Li, W. / Feng, S. / Mariappan, A. / Wason, A. / Widlund, P. / Pozniakovsky, A. / Poser, I. / Deng, H. / Ou, G. / ...著者: Zheng, X. / Ramani, A. / Soni, K. / Gottardo, M. / Zheng, S. / Ming Gooi, L. / Li, W. / Feng, S. / Mariappan, A. / Wason, A. / Widlund, P. / Pozniakovsky, A. / Poser, I. / Deng, H. / Ou, G. / Riparbelli, M. / Giuliano, C. / Hyman, A.A. / Sattler, M. / Gopalakrishnan, J. / Li, H.
履歴
登録2015年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Designed ankyrin repeat protein
F: Peptide from Centromere protein J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9698
ポリマ－120,8744
非ポリマー1,0954
水10,755597
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area37200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.856, 91.116, 83.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 CDE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49983.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Designed ankyrin repeat protein / DARPin


分子量: 17998.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 F

#4: タンパク質・ペプチド Peptide from Centromere protein J / ペプチド / CENP-J / Centrosomal P4.1-associated protein / LAG-3-associated protein / LYST-interacting protein 1


分子量: 2687.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HC77

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非ポリマー , 3種, 601分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE C201S IS BASED ON REFERENCE 1 OF DATABASE Q6B856 (TBB2B_BOVIN).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: potassium sodium tartrate, PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月9日 / 詳細: ADSC Quantum 315r
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 63572 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 25.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Χ2: 1.653 / Net I/av σ(I): 16.8 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 291375
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.144.60.89931391.36798.2
2.14-2.184.60.83331351.39298
2.18-2.224.60.75131051.39998.3
2.22-2.264.50.61831441.46698.4
2.26-2.314.60.61231741.38998.7
2.31-2.374.60.51331151.39198.5
2.37-2.424.60.44231501.36998.6
2.42-2.494.60.38731521.39599.3
2.49-2.564.60.33531951.39899.3
2.56-2.654.60.29131531.54799.4
2.65-2.744.60.25632171.59699.3
2.74-2.854.60.21431791.6899.6
2.85-2.984.60.17431811.75699.6
2.98-3.144.60.13831881.86399.8
3.14-3.334.60.10832271.98399.8
3.33-3.594.60.08131761.87999.6
3.59-3.954.40.0631971.86298.9
3.95-4.524.70.0532191.926100
4.52-5.74.70.04632392.21899.9
5.7-504.60.0432872.08899.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DRX

4drx


解像度: 2.1→41.347 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 3127 4.92 %
Rwork0.1776 --
obs0.1797 63538 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8016 0 66 597 8679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26111211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3813013
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0971-2.12980.3191390.25182570X-RAY DIFFRACTION93
2.1298-2.16480.28621400.2362717X-RAY DIFFRACTION98
2.1648-2.20210.24551450.21712686X-RAY DIFFRACTION98
2.2021-2.24210.24071460.212709X-RAY DIFFRACTION99
2.2421-2.28520.27361490.21752721X-RAY DIFFRACTION98
2.2852-2.33190.30271410.21122733X-RAY DIFFRACTION99
2.3319-2.38260.25521490.20592730X-RAY DIFFRACTION98
2.3826-2.4380.23061310.19422722X-RAY DIFFRACTION99
2.438-2.4990.22191400.1942732X-RAY DIFFRACTION100
2.499-2.56650.27761310.1952772X-RAY DIFFRACTION99
2.5665-2.6420.27581310.1912743X-RAY DIFFRACTION99
2.642-2.72730.27311280.19892787X-RAY DIFFRACTION99
2.7273-2.82480.25521380.19182752X-RAY DIFFRACTION100
2.8248-2.93780.22511430.19742781X-RAY DIFFRACTION100
2.9378-3.07150.23341620.18532761X-RAY DIFFRACTION100
3.0715-3.23340.2431410.18552774X-RAY DIFFRACTION100
3.2334-3.43580.21391480.17752742X-RAY DIFFRACTION100
3.4358-3.7010.20331600.15772766X-RAY DIFFRACTION99
3.701-4.07310.17451280.1452775X-RAY DIFFRACTION99
4.0731-4.66180.1951450.13952794X-RAY DIFFRACTION100
4.6618-5.87070.18021640.16512788X-RAY DIFFRACTION100
5.8707-41.3550.17551280.15282856X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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