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- PDB-5ehk: Crystal structure of tRNA dependent lantibiotic dehydratase MibB ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ehk
タイトルCrystal structure of tRNA dependent lantibiotic dehydratase MibB from Microbispora sp. 107891
要素Lantibiotic dehydratase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / lantibiotic dehydratase / NAI-107 / Microbispora sp. 107891 / tRNA dependent
機能・相同性Lantibiotic dehydratase, N-terminal / Lantibiotic dehydratase, N terminus / Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain / Lantibiotic biosynthesis dehydratase C-term / Lantibiotic dehydratase
機能・相同性情報
生物種Microbispora corallina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.708 Å
データ登録者Hao, Y. / Nair, S.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM 079038 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Structure and tRNA Specificity of MibB, a Lantibiotic Dehydratase from Actinobacteria Involved in NAI-107 Biosynthesis.
著者: Ortega, M.A. / Hao, Y. / Walker, M.C. / Donadio, S. / Sosio, M. / Nair, S.K. / van der Donk, W.A.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lantibiotic dehydratase
B: Lantibiotic dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,7442
ポリマ－243,7442
非ポリマー00
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area84790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.137, 151.112, 205.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lantibiotic dehydratase


分子量: 121871.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microbispora corallina (バクテリア)
遺伝子: mibB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: E2IHB7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 20-24% ethanol; 100 mM MOPS pH 7.9, 20-24% ethanol
PH範囲: 7.5-7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 72174 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
Cootモデル構築
SHARP位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.708→45.239 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 3537 5.04 %
Rwork0.2038 --
obs0.2068 70209 96.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.708→45.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16088 0 0 478 16566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00916446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3622364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6226160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0822448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072992
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7078-2.74480.36071130.25972020X-RAY DIFFRACTION73
2.7448-2.78410.35181000.2852233X-RAY DIFFRACTION82
2.7841-2.82560.40941260.27312386X-RAY DIFFRACTION87
2.8256-2.86970.36161370.26012506X-RAY DIFFRACTION92
2.8697-2.91680.33591570.25212581X-RAY DIFFRACTION95
2.9168-2.96710.29651360.24682674X-RAY DIFFRACTION97
2.9671-3.0210.27621370.24652708X-RAY DIFFRACTION98
3.021-3.07910.32121390.23532724X-RAY DIFFRACTION99
3.0791-3.14190.34191580.2512728X-RAY DIFFRACTION100
3.1419-3.21020.34331450.24662733X-RAY DIFFRACTION100
3.2102-3.28490.32121390.24872746X-RAY DIFFRACTION99
3.2849-3.3670.30271500.24632706X-RAY DIFFRACTION99
3.367-3.4580.28911530.22182728X-RAY DIFFRACTION99
3.458-3.55970.2861440.22012759X-RAY DIFFRACTION99
3.5597-3.67460.26071530.20932730X-RAY DIFFRACTION99
3.6746-3.80590.27931430.20312737X-RAY DIFFRACTION99
3.8059-3.95820.22411460.19492748X-RAY DIFFRACTION99
3.9582-4.13820.25631610.1782734X-RAY DIFFRACTION99
4.1382-4.35620.2181410.17342738X-RAY DIFFRACTION99
4.3562-4.62890.22131340.17012779X-RAY DIFFRACTION99
4.6289-4.98590.25171310.16542778X-RAY DIFFRACTION99
4.9859-5.48680.20631470.17872756X-RAY DIFFRACTION98
5.4868-6.2790.24671440.19442783X-RAY DIFFRACTION98
6.279-7.9040.22951440.18452800X-RAY DIFFRACTION97
7.904-45.2450.20121590.15792857X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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