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- PDB-5eg9: The cap binding site of influenza virus protein PB2 as a drug target -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eg9
タイトルThe cap binding site of influenza virus protein PB2 as a drug target
要素Polymerase basic protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / PB2 cap
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component => GO:0044423 / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Severin, C. / Rocha de Moura, T. / Liu, Y. / Li, K. / Zheng, X. / Luo, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: The cap-binding site of influenza virus protein PB2 as a drug target.
著者: Severin, C. / Rocha de Moura, T. / Liu, Y. / Li, K. / Zheng, X. / Luo, M.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
B: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9952
ポリマ－40,9952
非ポリマー00
水1,13563
1
A: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4981
ポリマ－20,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4981
ポリマ－20,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.133, 109.010, 39.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 20497.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 322-420, 428-482 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Chicken/Hong Kong/YU22/2002 H5N1 genotype Z / 遺伝子: PB2 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6DNL8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 11663 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 4.658 / Net I/av σ(I): 21.055 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 21876
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.341.70.1946410.9090.1830.2672.52392.6
2.34-2.381.80.196490.8660.1810.2632.11495.7
2.38-2.431.70.1596590.8510.1540.2222.23594.5
2.43-2.481.80.1376880.9310.1290.1892.64693.6
2.48-2.531.80.1576350.8520.1510.2187.17796.7
2.53-2.591.80.1356840.9190.1260.1853.2195.1
2.59-2.661.80.1296600.9220.1220.1783.41494.2
2.66-2.731.80.1176640.9340.1110.1623.7795.7
2.73-2.811.70.1086740.940.1030.1493.51995.9
2.81-2.91.80.0936460.9560.0880.1283.49493.6
2.9-31.80.0976580.9540.0910.1335.12995.4
3-3.121.80.0856860.9660.0790.1164.57394.5
3.12-3.261.80.096520.940.0840.1235.72995
3.26-3.441.80.0826510.9590.0750.1125.64393.5
3.44-3.651.70.0663210.9790.0630.0915.73544.8
3.65-3.931.60.0763130.970.0720.1059.75744.8
3.93-4.331.80.0535140.9880.0480.0724.77374.7
4.33-4.951.80.056600.9860.0450.0687.39991.4
4.95-6.241.90.0486340.9850.0430.0645.39190.1
6.24-501.90.0485990.9860.0440.0668.51182.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EG8

5eg8


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 16.035 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 602 4.9 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.1945 11661 87.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.37 Å2 / Biso mean: 34.452 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.64 Å2-0 Å20.34 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2453 0 0 63 2516
Biso mean---30.18 -
残基数----313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.9593342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82135686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7035313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56923.091110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59715483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9991524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4763.0111255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4583.011254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0154.5051567
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 39 -
Rwork0.22 871 -
all-910 -
obs--87.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6520.03430.08020.141-0.14870.3191-0.00940.00130.0107-0.03370.0109-0.01810.0483-0.0161-0.00150.0202-0.00350.00070.00510.0010.00744.25470.013215.0227
20.5060.1324-0.12090.20610.04350.2894-0.01720.0191-0.0294-0.0244-0.00430.0049-0.03240.00480.02150.0137-0.0017-0.00420.00680.0020.00614.176527.98429.9915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A322 - 478
2X-RAY DIFFRACTION2B322 - 477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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