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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e7i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 | ||||||
要素 | ATP-dependent RNA helicase DDX3X | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DEAD-box protein / RNA helicase (ヘリカーゼ) / RecA fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / RNA secondary structure unwinding ...positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA strand annealing activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / RNA secondary structure unwinding / gamete generation / NLRP3 inflammasome complex / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / cellular response to arsenic-containing substance / poly(A) binding / RNA stem-loop binding / P granule / gamma-tubulin binding / cellular response to osmotic stress / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / cell leading edge / lipid homeostasis / positive regulation of interferon-alpha production / ribosomal small subunit binding / positive regulation of translational initiation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / transcription factor binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / signaling adaptor activity / translation initiation factor binding / stress granule assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / translational initiation / positive regulation of protein autophosphorylation / DNA helicase activity / positive regulation of interferon-beta production / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of translation / chromosome segregation / response to virus / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / mRNA 5'-UTR binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of cell growth / cellular response to virus / Wntシグナル経路 / cytoplasmic stress granule / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / lamellipodium / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / negative regulation of translation / RNA helicase activity / 細胞分化 / ヘリカーゼ / intracellular signal transduction / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / mRNA binding / 自然免疫系 / GTPase activity / 中心体 / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.223 Å | ||||||
データ登録者 | Floor, S.N. / Condon, K.J. / Doudna, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Autoinhibitory Interdomain Interactions and Subfamily-specific Extensions Redefine the Catalytic Core of the Human DEAD-box Protein DDX3. 著者: Floor, S.N. / Condon, K.J. / Sharma, D. / Jankowsky, E. / Doudna, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e7i.cif.gz | 254.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e7i.ent.gz | 205.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e7i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/5e7i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51092.000 Da / 分子数: 3 / 断片: DEAD-box domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX3X, DBX, DDX3 / プラスミド: pHMGWA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: O00571, ヘリカーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 3350, sodium citrate / PH範囲: 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.115869 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.22→86.06 Å / Num. obs: 79724 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 32.82 Å2 / Rmerge F obs: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.187 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 8.14 / Num. measured all: 311833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.223→86.06 Å / FOM work R set: 0.7813 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 186.43 Å2 / Biso mean: 46.72 Å2 / Biso min: 10.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.223→86.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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