PDB-5e5f: X-ray structure of the complex between RNase A and compound 4-PF6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e5f

タイトル

X-ray structure of the complex between RNase A and compound 4-PF6 ([(PPh3)Au(mi-pbi)Pt(Me)(DMSO)][PF6]), the heterobimetallic derivative obtained in the reaction between the organometallic compound [Pt(pbi)(Me)(DMSO)], pbi=2-(2'-pyridil)benzimidazole (compound 3) and the gold(I) compound [Au(Ph3P)][PF6]

要素

Ribonuclease pancreatic

Pancreatic ribonuclease family

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease /

ribonuclease A activity / RNA nuclease activity /

nucleic acid binding /

lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Merlino, A.

引用

ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2015
タイトル: Cytotoxic properties of a new organometallic platinum(ii) complex and its gold(i) heterobimetallic derivatives.
著者: Serratrice, M. / Maiore, L. / Zucca, A. / Stoccoro, S. / Landini, I. / Mini, E. / Massai, L. / Ferraro, G. / Merlino, A. / Messori, L. / Cinellu, M.A.

履歴

登録	2015年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月2日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2019年11月20日	Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e5f.cif.gz	62.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e5f.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e5eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jml-1 1w4p-1 3ql2-1 1o0o-1 3lxo-d 3d6p-1 1kf5-d 5jmg-1 1wbu-1 2xoi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.487, 31.215, 69.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Pancreatic ribonuclease family / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: RNase A crystals were obtained using the procedure previously described by Vitagliano et al., 200028. Briefly, crystals of the protein were grown by hanging drop vapor diffusion method using ...詳細: RNase A crystals were obtained using the procedure previously described by Vitagliano et al., 200028. Briefly, crystals of the protein were grown by hanging drop vapor diffusion method using a reservoir solution containing 22-24 % (w/v) PEG4K, 10 mM sodium citrate pH 5.1-5.3. The crystals are monoclinic, space group C2, with two molecules in the asymmetric unit. The adducts were prepared by a three-days soaking in a solution that comprised the standard mother liquor used for the crystal growth to which a 2.5-5 mM solution of each compound was added. Crystal soaked in this solution were mounted for the X-ray data collection without using a cryoprotectant, as done in previous studies30. PH範囲: 5.1-5.3

結晶

マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.06 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: RNase A crystals were obtained using the procedure previously described by Vitagliano et al., 200028. Briefly, crystals of the protein were grown by hanging drop vapor diffusion method using ...
PH範囲: 5.1-5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→69 Å / Num. obs: 23228 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.68→69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.153 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23404	1188	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18332	-	-	-
obs	0.18601	22040	94.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.68→69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1898	0	10	186	2094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	1.925	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.883	3	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.848	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.93	25.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.134	15	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.81	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.526	2.833	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.515	2.831	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.354	4.237	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.353	4.24	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.28	3.084	967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.279	3.083	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.784	4.494	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.544	22.91	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.562	22.895	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.682→1.726 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	77	-
R_work	0.277	1449	-
obs	-	-	84.73 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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