PDB-5dvy: 2.95 Angstrom Crystal Structure of the Dimeric Form of Penicillin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dvy

タイトル

2.95 Angstrom Crystal Structure of the Dimeric Form of Penicillin Binding Protein 2 Prime from Enterococcus faecium

要素

Penicillin binding protein 2 prime

キーワード

PENICILLIN-BINDING PROTEIN (ペニシリン結合タンパク質) / penicillin binding protein 2 prime / PBP2 / CSGID /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / response to antibiotic /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium DO (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Filippova, E. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.95 Angstrom Crystal Structure of the Dimeric Form of Penicillin Binding Protein 2 Prime from Enterococcus faecium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Filippova, E. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2015年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dvy.cif.gz	266.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dvy.ent.gz	223.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dvy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dvy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6xrj-d 6uxe-1 6w1d-1 3iyo-d 6e3l-d 5grb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP06526

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin binding protein 2 prime

ヘテロ分子

72.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Penicillin binding protein 2 prime

ヘテロ分子

A: Penicillin binding protein 2 prime

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.162, 193.162, 156.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Penicillin binding protein 2 prime 分子量: 71032.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium DO (バクテリア) 株: DO / 遺伝子: pbp5, HMPREF0351_11456 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q3XZN6
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein: 12.4 mg/ml, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3), Screen: Classics II (A3), 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 2M Ammonium sulfate, Cryo: 25% Sucrose, 2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月9日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 36548 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 68.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
BLU-MAX		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.95→29.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 14.762 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18678	1762	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1527	-	-	-
obs	0.15437	34772	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→29.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4898	0	78	243	5219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.995	6887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.746	3	11056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.052	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.647	26.974	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.395	15	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.942	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.327	3.71	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.326	3.706	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.758	5.565	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.757	5.565	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.215	4.166	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.194	4.166	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.952	6.085	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.915	29.748	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.915	29.764	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.951→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	111	-
R_work	0.242	2453	-
obs	-	-	96.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5356	-0.3079	-0.1277	4.9122	0.7725	3.0363	-0.0433	0.2692	0.7659	-0.2312	-0.0181	-0.1215	-0.7011	0.0706	0.0614	0.4003	0.1038	0.112	0.2937	0.0299	0.2519	42.0811	102.297	72.8457
2	1.2788	-2.4633	-2.5677	7.7871	5.8731	5.4774	0.0582	0.1716	-0.1997	0.1626	-0.4153	0.4061	-0.0683	-0.425	0.3571	0.0676	0.0896	0.0152	0.2786	-0.0502	0.1439	36.6547	73.2575	67.9767
3	2.2312	1.2163	2.519	4.8244	-0.7844	7.2757	0.0826	-0.3001	-0.5588	0.4082	0.1088	-0.258	0.7485	-0.0373	-0.1914	0.3175	0.1925	0.151	0.3454	0.0694	0.3302	57.1371	51.6198	82.3817
4	1.2452	-1.2039	-1.1246	1.5654	1.0295	1.2581	-0.0744	-0.3204	-0.0175	0.2209	0.0893	0.1644	-0.0287	0.1243	-0.0149	0.2223	0.0575	0.0624	0.3928	-0.0644	0.2659	57.0472	63.6995	63.4187
5	1.2577	-0.2187	-0.381	1.5673	0.0377	1.2488	-0.0478	0.0762	-0.0918	-0.2261	-0.1029	0.2202	0	-0.1629	0.1507	0.0538	0.043	-0.0382	0.1367	-0.0956	0.0937	61.5571	54.8806	32.6142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	306 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	185 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	266 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	383 - 412
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	346 - 382
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	413 - 678

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