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- PDB-5dny: Structure of the ATPrS-Mre11/Rad50-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dny
タイトルStructure of the ATPrS-Mre11/Rad50-DNA complex
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • (DNA double-strand break repair ...) x 2
キーワードRECOMBINATION/DNA / Nuclease (ヌクレアーゼ) / RECOMBINATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity ...DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mre11, C-terminal domain-like / Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain ...Mre11, C-terminal domain-like / Double Stranded RNA Binding Domain - #600 / DNA double-strand break repair protein Mre11, archaea-type / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase, archaeal type / Rad50 zinc hook motif / RAD50, zinc hook / Rad50 zinc-hook domain profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / Helix non-globular / Special / 4-Layer Sandwich / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA double-strand break repair Rad50 ATPase / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Liu, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: ATP-dependent DNA binding, unwinding, and resection by the Mre11/Rad50 complex.
著者: Liu, Y. / Sung, S. / Kim, Y. / Li, F. / Gwon, G. / Jo, A. / Kim, A.K. / Kim, T. / Song, O.K. / Lee, S.E. / Cho, Y.
履歴
登録2015年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA double-strand break repair protein Mre11
B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
C: DNA double-strand break repair protein Mre11
D: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
E: DNA (27-MER)
F: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,25612
ポリマ－192,1126
非ポリマー1,1446
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19990 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area68920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.303, 130.111, 166.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA double-strand break repair ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 DNA double-strand break repair protein Mre11


分子量: 45370.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: mre11, MJ1323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58719
#2: タンパク質 DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase


分子量: 42389.930 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 1-190, 825-1005 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: rad50, MJ1322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58718

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#3: DNA鎖 DNA (27-MER) / DNA A1


分子量: 8364.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (27-MER) / DNA A2


分子量: 8226.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, Tris-HCl, Trimethylamine hydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→50 Å / Num. obs: 32303 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 6.5 % / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10-2152_1745)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→40.865 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2733 1636 5.08 %
Rwork0.2211 --
obs0.2239 32220 95.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→40.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11606 984 66 2 12658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56717658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4827713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032080
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1103-3.20180.39621220.3652325X-RAY DIFFRACTION90
3.2018-3.30510.41181310.33012525X-RAY DIFFRACTION96
3.3051-3.42320.34961400.29962500X-RAY DIFFRACTION96
3.4232-3.56010.35751240.29242524X-RAY DIFFRACTION95
3.5601-3.72210.32681330.2652502X-RAY DIFFRACTION95
3.7221-3.91810.2861350.24572511X-RAY DIFFRACTION95
3.9181-4.16340.31041340.23232504X-RAY DIFFRACTION94
4.1634-4.48450.25431300.20482513X-RAY DIFFRACTION95
4.4845-4.93510.24241400.1942570X-RAY DIFFRACTION96
4.9351-5.64760.28161370.21192639X-RAY DIFFRACTION98
5.6476-7.10930.26571540.23482690X-RAY DIFFRACTION100
7.1093-40.860.21991560.16882781X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.820.18632.24644.1544-1.01126.5356-0.05070.8153-0.0075-0.7588-0.0573-0.0241-0.3080.24180.06730.69280.09130.01540.5392-0.04120.5043-30.378733.7731-63.4265
2-0.1842-0.4470.53525.85350.23111.58220.39140.1310.2984-1.0247-0.2659-0.2817-0.090.0797-0.17450.48310.06380.30581.13730.09661.0514-0.82786.7031-73.5797
34.68822.43970.83597.89251.68538.8109-0.55550.3274-0.3111-0.73540.1947-0.1730.4039-0.24470.2840.46170.01190.06480.467-0.04480.7947-29.0733-11.0972-51.8675
4-1.1851-2.1669-0.76546.16276.96715.0598-0.27240.0897-0.16570.4497-0.03340.94280.71080.1750.27630.92530.030.11620.7703-0.15831.1287-4.7146-17.2288-67.8638
57.85822.5573-4.17244.0219-0.85883.17550.0123-0.0221.00350.05320.2916-0.0461-0.2253-0.0757-0.27970.4990.0926-0.09460.50970.0540.8971-13.24358.0539-54.9775
66.14050.5099-1.8745.65491.72837.0842-0.3857-0.0683-0.38310.14460.07480.41320.4044-0.36280.24540.55460.0633-0.05720.38990.06010.3968-33.571832.5681-29.9919
77.16110.5142-0.55414.80372.71067.5774-0.422-0.86260.30610.44440.6326-0.7097-0.46660.7997-0.17820.67980.0176-0.21430.5545-0.04480.6802-19.013242.4989-22.2469
88.71382.61470.5534.15974.18076.7367-0.8514-0.8039-0.8831.31780.3932-0.08171.68181.05520.16730.99550.228-0.19680.71030.12490.6739-26.621833.2306-14.2581
97.70210.4902-0.8642.61833.27596.0795-0.0761-1.6671-0.48292.31010.33340.76210.0265-0.7612-0.06731.24160.2319-0.06270.7159-0.01280.6246-35.544633.1429-14.1856
105.63671.93250.23035.1008-5.36976.4613-0.5257-0.2339-0.8595-0.6736-0.3839-0.85981.4889-0.72780.82631.7602-0.26180.4531.06380.13181.3491-41.76065.247-17.2094
115.8926-0.42992.73020.10940.08691.8256-0.1726-1.7423-0.47320.36730.34811.1791-0.9039-0.9137-0.18081.43270.00390.25631.01070.1681.129-14.6196-4.0535-7.371
122.513-2.47141.24332.5452-0.52246.9610.0602-1.34912.39031.2308-0.4664-0.7596-0.52711.10320.51120.89930.0539-0.17021.59570.18661.302111.5465-5.43972.9831
139.0039-0.8858-0.26310.30950.32895.377-0.0115-0.2132-0.18750.16890.0347-0.3155-0.08170.7831-0.0240.6577-0.0426-0.17920.5738-0.08381.239512.131913.7104-32.0419
141.62983.2148-1.61798.2825-3.84843.3189-0.0372-0.3164-0.3776-0.8749-0.8145-0.1560.425-0.49170.72671.1633-0.0622-0.27590.70640.0151.1133-1.2738-0.8734-27.8018
154.4887-2.90364.12522.959-4.31695.40440.52260.36430.0943-1.1409-0.5416-0.60850.33680.5551-0.03861.30370.09320.21840.7733-0.18690.87645.7678-11.7832-5.5171
163.07351.9090.90266.7108-2.63812.76790.96620.0358-1.50521.493-0.2264-0.12081.4326-0.8204-0.86571.2416-0.1321-0.06570.6657-0.01531.0377-21.7378-5.0176-26.5665
175.35912.3183-1.99822.0592-0.34022.34470.15970.04330.68050.09760.15410.0985-0.427-0.0041-0.28630.9150.025-0.14290.4361-0.07641.0755-9.212814.7808-30.7538
189.61465.44780.04313.55851.57445.10880.9108-1.922-0.23541.1583-2.9886-0.2217-0.77540.66022.05531.72720.1595-0.36432.41150.06561.7586-34.8711-36.6182-38.7635
198.1324.14561.37317.26363.98294.456-0.2397-1.1973-1.895-0.28310.8784-1.99281.02261.0285-0.30291.3330.0954-0.27121.26990.06782.9634-17.092-31.7765-44.4969
209.50887.0326-2.61369.5526-3.25532.7336-0.4273-1.1167-0.6987-0.934-0.34080.397-0.31320.44240.70331.1990.0475-0.18081.0717-0.26372.72733.25-17.832-40.5584
217.66645.8192-2.37657.9559-0.45094.96590.2578-0.0761-1.3792-1.19240.5911-3.16460.9099-0.1555-0.80241.28090.1093-0.26740.8359-0.39881.769520.9151-0.9325-40.3246
227.3986.2154.29042.00978.78997.46552.07832.07020.23031.6719-0.9053-1.63492.06421.6433-1.12031.44610.62410.13121.69950.28472.210216.026-7.256-36.074
239.22334.47273.20274.15634.78536.37381.0392-1.60151.5559-0.1457-2.01321.7669-0.5139-1.93420.94021.41030.13010.31571.5989-0.15552.07954.233-17.463-45.441
243.50551.3212-3.88584.662-1.15954.3432-0.777-0.8023-2.29670.16630.791-1.38060.45811.532-0.47591.22190.1575-0.26141.02-0.20981.9233-17.615-28.573-41.465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 252 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 253 through 365 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 119 through 886 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 887 through 1005 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 73 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 185 through 210 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 211 through 248 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 249 through 297 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 298 through 332 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 333 through 365 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 118 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 119 through 157 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 158 through 886 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 887 through 916 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 917 through 1005 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 5 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 6 through 10 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 11 through 20 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 21 through 25 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid -23 through -19 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid -18 through -14 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid -13 through -4 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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