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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dgv | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog | ||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Complex / tRNA analogue | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / regulation of cellular amino acid metabolic process / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / positive regulation of protein kinase activity / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / translation regulator activity / ribosomal small subunit export from nucleus / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / maturation of LSU-rRNA / cellular response to amino acid starvation / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Melnikov, S. / Mailliot, J. / Shin, B.-S. / Rigger, L. / Yusupova, G. / Micura, R. / Dever, T.E. / Yusupov, M. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, オーストリア, ロシア, 米国, 9件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Coping with proline stalling: structural basis of hypusine-induced protein synthesis by the eukaryotic ribosome 著者: Melnikov, S. / Mailliot, J. / Shin, B.-S. / Rigger, L. / Yusupova, G. / Micura, R. / Dever, T.E. / Yusupov, M. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dgv.cif.gz | 9.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dgv.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5dgv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dgv_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dgv_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5dgv_validation.xml.gz | 909.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dgv_validation.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 10分子 26153748CD
#1: RNA鎖 | 分子量: 579761.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: REF: 831416132 #36: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: REF: 831416132 #37: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: GenBank: 834774822 #38: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: GenBank: 921017030 #85: RNA鎖 | 分子量: 1087.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
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+40S ribosomal protein ... , 32種, 62分子 S0s0S1s1S2s2S3s3S4s4S5s5S6s6S7s7S8s8S9s9C0c0C1c1C2c2C3c3C4c4...
-タンパク質 , 5種, 9分子 E1e1SRsRSMsMQ0q0p0
#33: タンパク質 | 分子量: 8703.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: UniProt: P05759 #34: タンパク質 | 分子量: 34710.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: UniProt: P38011 #35: タンパク質 | 分子量: 28083.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) #76: タンパク質 | 分子量: 6032.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: UniProt: P0CH08 #82: タンパク質 | | 分子量: 33617.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: UniProt: P05317 |
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+60S ribosomal protein ... , 43種, 83分子 L2l2L3l3L4l4L5l5L6l6L7l7L8l8L9l9M0m0M1m1M3m3M4m4M5m5M6m6M7m7...
-非ポリマー , 3種, 20分子
#86: 化合物 | ChemComp-ZN / #87: 化合物 | #88: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.14271 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.14271 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→149.047 Å / Num. obs: 1338357 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 73.71 Å2 / Rmerge F obs: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.557 / Rrim(I) all: 0.594 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 7.97 / Num. measured all: 6878841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4V88 解像度: 3.1→149.047 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 292.59 Å2 / Biso mean: 75.3607 Å2 / Biso min: 16.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→149.047 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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