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- PDB-5d65: X-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d65
タイトルX-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3) WITH HEPARIN COMPLEX
要素C-C motif chemokine 3ケモカイン
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / CC chemokine (ケモカイン) / CCL3 / OLIGOMER (オリゴマー) / SIGNALING PROTEIN / HEPARIN (ヘパリン) / GAG / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / signaling / astrocyte cell migration / eosinophil degranulation / CCR5 chemokine receptor binding / negative regulation of bone mineralization ...granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / signaling / astrocyte cell migration / eosinophil degranulation / CCR5 chemokine receptor binding / negative regulation of bone mineralization / regulation of sensory perception of pain / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell activation / lymphocyte chemotaxis / cell activation / T cell chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / response to cholesterol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / chemokine activity / phospholipase activator activity / macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / エキソサイトーシス / chemoattractant activity / negative regulation of osteoclast differentiation / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / negative regulation by host of viral transcription / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of calcium-mediated signaling / cytoskeleton organization / 好中球 / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium-mediated signaling / intracellular calcium ion homeostasis / response to toxic substance / osteoblast differentiation / positive regulation of inflammatory response / cellular response to type II interferon / positive regulation of neuron apoptotic process / calcium ion transport / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / regulation of cell shape / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / alpha-D-glucopyranose / C-C motif chemokine 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liang, W.G. / Hwang, D.Y. / Zulueta, M.M. / Hung, S.C. / Tang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis for oligomerization and glycosaminoglycan binding of CCL5 and CCL3.
著者: Liang, W.G. / Triandafillou, C.G. / Huang, T.Y. / Zulueta, M.M. / Banerjee, S. / Dinner, A.R. / Hung, S.C. / Tang, W.J.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32020年1月15日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 3
B: C-C motif chemokine 3
C: C-C motif chemokine 3
D: C-C motif chemokine 3
E: C-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,03219
ポリマ－38,9685
非ポリマー3,06314
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.061, 181.061, 77.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 3 / ケモカイン / G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT ...G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT 464.1 / SIS-beta / Small-inducible cytokine A3 / Tonsillar lymphocyte LD78 alpha protein


分子量: 7793.664 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL3, G0S19-1, MIP1A, SCYA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10147
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 595.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.82 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Tris, pH 7.0; 1.8M (NH4)2SO4; / PH範囲: 7.0-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.746 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.746 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.095→34.22 Å / Num. obs: 14085 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 48.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.13 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 2X69

2x69


解像度: 3.1→34.22 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.18 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 694 4.99 %
Rwork0.214 --
obs0.215 13915 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→34.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2662 0 193 0 2855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.543985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3761100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.185489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.095-3.33340.30211310.25622473X-RAY DIFFRACTION95
3.3334-3.66850.21111360.21022601X-RAY DIFFRACTION99
3.6685-4.19850.25461390.19352635X-RAY DIFFRACTION100
4.1985-5.28650.20931400.18952683X-RAY DIFFRACTION100
5.2865-34.21940.26391480.23972829X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.7769 Å / Origin y: 73.9483 Å / Origin z: 46.6755 Å
111213212223313233
T0.3452 Å20.2503 Å20.055 Å2-0.8892 Å2-0.0413 Å2--0.4138 Å2
L1.7507 °20.2187 °20.0913 °2-0.5842 °20.0429 °2--1.07 °2
S-0.1617 Å °0.1898 Å °-0.0653 Å °0.1089 Å °0.0414 Å °0.0239 Å °0.1407 Å °-0.5034 Å °0.066 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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