PDB-5cyl: Crystal structure of the CupB6 tip adhesin from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cyl

タイトル

Crystal structure of the CupB6 tip adhesin from Pseudomonas aeruginosa

要素

Fimbrial subunit CupB6

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) /

biofilm (バイオフィルム) /

adhesion (接着) / chaperone-usher /

pilin (ピリン)

機能・相同性

pilus organization / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily /

性繊毛 / Fimbrial subunit CupB6

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Rasheed, M. / Garnett, J.A. / Perez-Dorado, I. / Matthews, S.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the CupB6 adhesive tip from the chaperone-usher family of pili from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Rasheed, M. / Garnett, J. / Perez-Dorado, I. / Muhl, D. / Filloux, A. / Matthews, S.

履歴

登録	2015年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cyl.cif.gz	511.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cyl.ent.gz	432.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5afo-1 5fn6-d 5afo-2 2v05-d 2xt4-d 1sfc-1 5dns-1 5dra-1 1x9z-4 1x9z-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fimbrial subunit CupB6

B: Fimbrial subunit CupB6

C: Fimbrial subunit CupB6

D: Fimbrial subunit CupB6

E: Fimbrial subunit CupB6

F: Fimbrial subunit CupB6

G: Fimbrial subunit CupB6

H: Fimbrial subunit CupB6

314 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Fimbrial subunit CupB6

登録者が定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	358.813, 88.930, 172.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	3 - 361
2	1	B	3 - 361
1	2	A	4 - 360
2	2	C	4 - 360
1	3	A	3 - 360
2	3	D	3 - 360
1	4	A	4 - 363
2	4	E	4 - 363
1	5	A	3 - 361
2	5	F	3 - 361
1	6	A	3 - 360
2	6	G	3 - 360
1	7	A	3 - 363
2	7	H	3 - 363
1	8	B	4 - 360
2	8	C	4 - 360
1	9	B	1 - 361
2	9	D	1 - 361
1	10	B	4 - 360
2	10	E	4 - 360
1	11	B	3 - 361
2	11	F	3 - 361
1	12	B	1 - 360
2	12	G	1 - 360
1	13	B	1 - 361
2	13	H	1 - 361
1	14	C	4 - 360
2	14	D	4 - 360
1	15	C	4 - 360
2	15	E	4 - 360
1	16	C	4 - 360
2	16	F	4 - 360
1	17	C	4 - 360
2	17	G	4 - 360
1	18	C	4 - 360
2	18	H	4 - 360
1	19	D	4 - 361
2	19	E	4 - 361
1	20	D	3 - 361
2	20	F	3 - 361
1	21	D	1 - 360
2	21	G	1 - 360
1	22	D	1 - 361
2	22	H	1 - 361
1	23	E	4 - 361
2	23	F	4 - 361
1	24	E	4 - 359
2	24	G	4 - 359
1	25	E	4 - 362
2	25	H	4 - 362
1	26	F	3 - 360
2	26	G	3 - 360
1	27	F	3 - 361
2	27	H	3 - 361
1	28	G	1 - 360
2	28	H	1 - 360

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Fimbrial subunit CupB6 分子量: 39220.172 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 38-381 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: cupB6, PA4081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HWU7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.79 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 1.6M NaH2PO4, 400 mM KH2PO4, 100mM phosphate citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.92002, 0.97903, 0.97957, 0.96757

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92002	1
2	0.97903	1
3	0.97957	1
4	0.96757	1

反射

解像度: 2.77→97.29 Å / Num. obs: 416327 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 57.4 Å² / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度: 2.77→2.84 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.857 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC_1/2: 0.578 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.77→97.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.541 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26645	6115	5 %	RANDOM
R_work	0.23844	-	-	-
obs	0.23983	117132	96.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→97.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20683	0	0	298	20981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	21100
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	19922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.746	1.974	28772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.744	3	45856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.135	5	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.6	24.277	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.675	15	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.567	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	3321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	24248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.278	5.739	11320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.278	5.739	11319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.757	8.594	14102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.757	8.594	14103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.655	5.726	9780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.652	5.725	9778
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.112	8.501	14670
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.974	45.359	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.973	45.339	22256
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	34816	0.23
1	2	B	34816	0.23
2	1	A	34070	0.23
2	2	C	34070	0.23
3	1	A	33658	0.24
3	2	D	33658	0.24
4	1	A	35254	0.22
4	2	E	35254	0.22
5	1	A	30902	0.25
5	2	F	30902	0.25
6	1	A	32616	0.24
6	2	G	32616	0.24
7	1	A	35656	0.22
7	2	H	35656	0.22
8	1	B	33108	0.24
8	2	C	33108	0.24
9	1	B	33964	0.24
9	2	D	33964	0.24
10	1	B	34384	0.23
10	2	E	34384	0.23
11	1	B	31836	0.24
11	2	F	31836	0.24
12	1	B	33276	0.25
12	2	G	33276	0.25
13	1	B	35750	0.23
13	2	H	35750	0.23
14	1	C	32992	0.25
14	2	D	32992	0.25
15	1	C	33888	0.23
15	2	E	33888	0.23
16	1	C	30380	0.24
16	2	F	30380	0.24
17	1	C	32002	0.25
17	2	G	32002	0.25
18	1	C	33894	0.23
18	2	H	33894	0.23
19	1	D	33308	0.24
19	2	E	33308	0.24
20	1	D	31722	0.24
20	2	F	31722	0.24
21	1	D	32618	0.25
21	2	G	32618	0.25
22	1	D	34102	0.24
22	2	H	34102	0.24
23	1	E	31474	0.24
23	2	F	31474	0.24
24	1	E	32612	0.24
24	2	G	32612	0.24
25	1	E	35468	0.22
25	2	H	35468	0.22
26	1	F	30830	0.24
26	2	G	30830	0.24
27	1	F	32120	0.24
27	2	H	32120	0.24
28	1	G	33134	0.25
28	2	H	33134	0.25

LS精密化シェル

解像度: 2.77→2.842 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	450	-
R_work	0.397	8605	-
obs	-	-	96.35 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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