PDB-5cp2: Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cp2

タイトル

Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')
DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')
DNA polymerase lambda

キーワード

TRANSFERASE/DNA /

DNA polymerase lambda / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA biosynthetic process /

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes /

base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Liu, M.S. / Tsai, M.D.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Structural Mechanism for the Fidelity Modulation of DNA Polymerase lambda
著者: Liu, M.S. / Tsai, H.Y. / Liu, X.X. / Ho, M.C. / Wu, W.J. / Tsai, M.D.

履歴

登録	2015年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cp2.cif.gz	126.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cp2.ent.gz	93.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cp2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/5cp2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xq8C 4xrhC 5ca7C 5cb1C 5chgC 5cj7C 5cr0C 5cwrC 5ddmC 5ddyC 5dkwC 1xslS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5chg-2 5hr9-2 4xrh-2 6waq-2 6pe9-5 5ddm-2 5cj7-2 4xq8-2 3kxs-3 5hrh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (16) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase lambda

B: DNA polymerase lambda

P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')

T: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

78.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA polymerase lambda

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA polymerase lambda

P: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*AP*C)-3')

T: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*TP*G)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.876, 83.876, 396.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-791- HOH
2	1	A-807- HOH

#1: タンパク質	DNA polymerase lambda / / Pol Lambda / DNA polymerase beta-2 / Pol beta2 / DNA polymerase kappa 分子量: 37306.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 242-575 / 変異: L431A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGP5, DNAポリメラーゼ
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPGPTPAPC)-3') 分子量: 1793.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPTPAPCPTPG)-3') 分子量: 1824.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / タイプ: その他 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.36→30 Å / Num. obs: 35440 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 43.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.36-2.43	14.2	0.529	2814	1	98.6
2.43-2.51	14.2	0.42	2887	1.001	100
2.51-2.6	14.3	0.32	2891	1.002	100
2.6-2.7	14.2	0.235	2884	1	100
2.7-2.82	14.1	0.175	2881	1.003	100
2.82-2.97	14.1	0.129	2907	1	100
2.97-3.16	13.8	0.109	2917	1	100
3.16-3.4	13.4	0.079	2936	1	100
3.4-3.74	13.6	0.063	2964	1	100
3.74-4.28	13.4	0.044	3005	1	100
4.28-5.39	12.7	0.045	3052	1	100
5.39-30	12.2	0.026	3302	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XSL

1xsl

解像度: 2.36→25.95 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	3530	10 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.209	35302	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→25.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3800	243	5	278	4326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4151
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	5655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.059	1554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.3923	0.2619	137	0.2307	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.4265	0.3037	137	0.2403	1228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4265-2.4627	0.2873	138	0.2343	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4627-2.5011	0.3258	136	0.2355	1218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5011-2.5421	0.2802	141	0.2307	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5421-2.5859	0.2492	134	0.241	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5859-2.6328	0.2854	140	0.237	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6834	0.2865	137	0.2155	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6834-2.7382	0.3117	138	0.2446	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7382-2.7976	0.305	142	0.2197	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7976-2.8626	0.2694	134	0.2292	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8626-2.9341	0.2813	140	0.2171	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9341-3.0133	0.2422	141	0.2304	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0133-3.1019	0.2485	139	0.2262	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1019-3.2018	0.2872	139	0.2416	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2018-3.316	0.289	141	0.2329	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
3.316-3.4485	0.246	140	0.2236	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4485-3.6051	0.2327	141	0.2234	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6051-3.7946	0.2257	142	0.202	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7946-4.0315	0.2204	144	0.1918	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0315-4.3415	0.2284	142	0.1761	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3415-4.7759	0.1747	145	0.1725	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7759-5.4614	0.2247	148	0.1776	1329	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4614-6.8597	0.2195	150	0.2011	1355	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8597-25.9501	0.1858	164	0.1788	1469	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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