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- PDB-5cim: Structure of Mycobacterium thermoresistibile GlgE in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cim
タイトルStructure of Mycobacterium thermoresistibile GlgE in complex with maltose (cocrystallisation with maltose-1-phosphate) at 3.32A resolution
要素Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GlgE / Maltose (マルトース) / GH13 / maltosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta ...: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / 抗体 / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Maranha, A. / Empadinhas, N. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structure of Mycobacterium thermoresistibile GlgE defines novel conformational states that contribute to the catalytic mechanism.
著者: Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Maranha, A. / Empadinhas, N. / Blundell, T.L.
履歴
登録2015年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase
B: Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,5793
ポリマ－155,2362
非ポリマー3421
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area49680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.537, 112.967, 221.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / GMPMT / (1->4)-alpha-D-glucan:maltose-1-phosphate alpha-D-maltosyltransferase


分子量: 77618.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
遺伝子: glgE, KEK_12948 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G7CL00, starch synthase (maltosyl-transferring)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG300, citrate-phosphate buffer pH4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.318→221.433 Å / Num. all: 29571 / Num. obs: 29571 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 81.93 Å2 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 8.917 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 149129
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.318-3.55.20.5971.32217942560.3180.5973.199.8
3.5-3.715.10.3562.12055840390.1920.356599.9
3.71-3.975.10.2443.11909937750.1330.244799.9
3.97-4.285.20.1335.81830635470.0720.13311.499.8
4.28-4.6950.0829.31633732580.0450.08216.799.9
4.69-5.255.10.06411.81525229720.0340.06420.699.9
5.25-6.0650.05813.11326226370.0320.05821.999.8
6.06-7.424.90.04416.31108322550.0240.04427.499.8
7.42-10.494.80.02227.6851417850.0120.02245.999.4
10.49-221.4334.30.01830.2453910470.0110.01852.498.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CGM

5cgm


解像度: 3.32→100.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9321 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.409
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 1494 5.07 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.1801 29449 99.69 %-
原子変位パラメータBiso max: 214.01 Å2 / Biso mean: 110.42 Å2 / Biso min: 42.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4684 Å20 Å20 Å2
2---21.5357 Å20 Å2
3---20.0674 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.715 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.32→100.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10135 0 45 66 10246
Biso mean--120.59 70.75 -
残基数----1311
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3317SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes222HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1560HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10490HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1328SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12082SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10490HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14390HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.26
LS精密化 シェル解像度: 3.32→3.44 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 136 4.79 %
Rwork0.2151 2701 -
all0.2176 2837 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4791-0.21260.28881.6034-0.32692.8964-0.01960.1239-0.0827-0.2199-0.12410.16010.06320.17110.1437-0.07680.0407-0.0541-0.0533-0.0581-0.3203-12.6245-16.32429.7895
20.94980.13761.20380.3234-0.47283.3724-0.0966-0.0665-0.04180.43270.08330.3068-0.6747-0.85190.01330.30360.26670.18530.121-0.0186-0.3778-34.6827-9.577665.9358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 696
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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