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- PDB-5bmg: Nitroxide Spin Labels in Protein GB1: E15 Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bmg
タイトルNitroxide Spin Labels in Protein GB1: E15 Mutant
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / Bacterial Proteins / Crystallization / Electron Spin Resonance Spectroscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTN / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cunningham, T.C. / Horne, W.S. / Saxena, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Rotameric preferences of a protein spin label at edge-strand beta-sheet sites.
著者: Cunningham, T.F. / Pornsuwan, S. / Horne, W.S. / Saxena, S.
履歴
登録2015年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G
B: Immunoglobulin G-binding protein G
C: Immunoglobulin G-binding protein G
D: Immunoglobulin G-binding protein G
E: Immunoglobulin G-binding protein G
F: Immunoglobulin G-binding protein G
G: Immunoglobulin G-binding protein G
H: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,71817
ポリマ－49,6238
非ポリマー2,0959
水2,900161
1
A: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4672
ポリマ－6,2031
非ポリマー2641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8544
ポリマ－6,2031
非ポリマー6513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2031
ポリマ－6,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4672
ポリマ－6,2031
非ポリマー2641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4672
ポリマ－6,2031
非ポリマー2641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5893
ポリマ－6,2031
非ポリマー3872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4672
ポリマ－6,2031
非ポリマー2641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2031
ポリマ－6,2031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.323, 79.498, 52.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6202.838 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 304-357 / 変異: E15C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909
#2: 化合物
ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H18NO3S2
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 4.5, 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→27.11 Å / Num. obs: 21244 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QMT

2qmt


解像度: 2.2→27.075 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 35.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1111 5.23 %
Rwork0.1859 --
obs0.1885 21243 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3564 0 16 161 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3154956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7761297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.30.30271270.26932385X-RAY DIFFRACTION87
2.3-2.4210.33391220.262475X-RAY DIFFRACTION92
2.421-2.57210.24261340.25782545X-RAY DIFFRACTION93
2.5721-2.76990.25541450.23562519X-RAY DIFFRACTION93
2.7699-3.04720.26781280.21882548X-RAY DIFFRACTION94
3.0472-3.48470.21891430.16762580X-RAY DIFFRACTION94
3.4847-4.37740.19381650.14992481X-RAY DIFFRACTION90
4.3774-16.80.17141300.14562567X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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