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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b6d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA with CMP | ||||||
要素 | CMP 5-hydroxymethylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CMP hydroxymethylase | ||||||
機能・相同性 | Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / methyltransferase activity / メチル化 / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 5-hydroxymethylase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces rimofaciens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Gong, Z. / Wu, G. / He, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Structural basis of the substrate preference towards CMP for a thymidylate synthase MilA involved in mildiomycin biosynthesis 著者: Zhao, G. / Chen, C. / Xiong, W. / Gao, T. / Deng, Z. / Wu, G. / He, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b6d.cif.gz | 272.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b6d.ent.gz | 219.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/5b6d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36528.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-329 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア) 遺伝子: milA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4Y380 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate(pH 6.5), 1.4 M sodium acetate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97912 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97912 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 91579 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/av σ(I): 13.553 / Net I/σ(I): 4.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JNH 解像度: 1.65→47.459 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.61
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.17 Å2 / Biso mean: 24.5545 Å2 / Biso min: 10.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→47.459 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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