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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ady | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RIBOSOME RESCUE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / rescue of stalled ribosome ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / rescue of stalled ribosome / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / response to heat / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Mandava, C.S. / Cao, W. / Li, X. / Zhang, D. / Li, N. / Zhang, Y. / Zhang, X. / Qin, Y. / Mi, K. ...Zhang, Y. / Mandava, C.S. / Cao, W. / Li, X. / Zhang, D. / Li, N. / Zhang, Y. / Zhang, X. / Qin, Y. / Mi, K. / Lei, J. / Sanyal, S. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015 タイトル: HflX is a ribosome-splitting factor rescuing stalled ribosomes under stress conditions. 著者: Yanqing Zhang / Chandra Sekhar Mandava / Wei Cao / Xiaojing Li / Dejiu Zhang / Ningning Li / Yixiao Zhang / Xiaoxiao Zhang / Yan Qin / Kaixia Mi / Jianlin Lei / Suparna Sanyal / Ning Gao / 要旨: Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a ...Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a GTPase with unknown function. Our data reveal that HflX is a heat shock-induced ribosome-splitting factor capable of dissociating vacant as well as mRNA-associated ribosomes with deacylated tRNA in the peptidyl site. Structural data demonstrate that the N-terminal effector domain of HflX binds to the peptidyl transferase center in a strikingly similar manner as that of the class I release factors and induces dramatic conformational changes in central intersubunit bridges, thus promoting subunit dissociation. Accordingly, loss of HflX results in an increase in stalled ribosomes upon heat shock. These results suggest a primary role of HflX in rescuing translationally arrested ribosomes under stress conditions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ady.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ady.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ady.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/5ady ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/5ady | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 0123457CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
-タンパク質 , 1種, 1分子 6
#7: タンパク質 | 分子量: 48392.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A GMPPNP AND A MAGNESIUM ION ARE INCLUDED IN THIS CHAIN. 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25519 |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#9: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 507148446 |
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#10: RNA鎖 | 分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 507148266 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#35: 化合物 | ChemComp-GNP / |
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#36: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 50S-HFLX COMPLEX / タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 名称: 20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2 / pH: 7.5 / 詳細: 20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年1月7日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: SINGLE PARTICLE RECONSTRUCTION単粒子解析法 / 解像度: 4.5 Å / 粒子像の数: 384206 / ピクセルサイズ(公称値): 1.1659 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.1659 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -3133. (DEPOSITION ID: 13705). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--MDFF REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3FIK 3fik | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.5 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.5 Å
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