PDB-4zuk: Structure ALDH7A1 complexed with NAD+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zuk

タイトル

Structure ALDH7A1 complexed with NAD+

要素

Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

ALDEHYDE DEHYDROGENASE (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / NAD / LYSINE CATABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ /

L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process /

ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ /

betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Luo, M. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition by Aldehyde Dehydrogenase 7A1.
著者: Luo, M. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2015年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zuk.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zuk.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zuk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/4zuk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zulC 4zvwC 4zvxC 4zvyC 2j6lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6o4k-1 4zvw-2 4zvw-1 6v0z-2 6o4g-2 6o4e-2 6o4g-1 6o4d-1 2jg7-1 4pxn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (6) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

E: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

F: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

G: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

H: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

452 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

F: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

G: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

H: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
226 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	155.666, 161.579, 158.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.760, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase / Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine ...Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine aldehyde dehydrogenase / Delta1-piperideine-6-carboxylate dehydrogenase / P6c dehydrogenase 分子量: 55620.367 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH7A1, ATQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P49419, L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+), ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein stock solution contained 3 mg/mL ALDH7A1 and 5 mM NAD+. The reservoir contained 0.2 M ammonium sulfate and 20% PEG 3350, 0.1 mM Bis-Tris pH 6.5. PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年9月24日 / 詳細: Taurus-1 detector

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→62.89 Å / Num. obs: 261450 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.87 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 995590

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2-2.03	3.7	1.05	1.3	46379	12472	0.632	0.626	96.1
10.96-62.89	3.6	0.023	42	5936	1643	0.999	0.015	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.3.6	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J6L

2j6l

解像度: 2.001→62.89 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2183	12912	4.94 %
R_work	0.1706	248375	-
obs	0.1729	261287	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.85 Å² / B_iso mean: 30.0948 Å² / B_iso min: 12.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.001→62.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30434	0	304	1345	32083
B_iso mean	-	-	42.1	29.75	-
残基数	-	-	-	-	4062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	31383
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	42653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	4802
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.195	11329

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0007-2.0235	0.352	396	0.2882	7896	8292	95
2.0235-2.0473	0.3121	440	0.2437	8236	8676	99
2.0473-2.0722	0.3049	411	0.2423	8243	8654	99
2.0722-2.0985	0.2793	417	0.2223	8250	8667	99
2.0985-2.1261	0.2752	415	0.2229	8273	8688	99
2.1261-2.1552	0.2678	437	0.2198	8223	8660	99
2.1552-2.186	0.296	419	0.221	8231	8650	99
2.186-2.2186	0.2853	410	0.2167	8251	8661	99
2.2186-2.2533	0.2748	459	0.2066	8246	8705	99
2.2533-2.2902	0.2804	416	0.205	8341	8757	99
2.2902-2.3297	0.2598	433	0.1923	8217	8650	99
2.3297-2.3721	0.2487	457	0.1925	8235	8692	99
2.3721-2.4177	0.2636	418	0.1932	8278	8696	100
2.4177-2.4671	0.2579	411	0.1897	8294	8705	100
2.4671-2.5207	0.2374	468	0.1843	8295	8763	100
2.5207-2.5794	0.2369	415	0.1751	8281	8696	100
2.5794-2.6439	0.2487	469	0.1749	8244	8713	100
2.6439-2.7154	0.239	467	0.1815	8263	8730	100
2.7154-2.7953	0.2563	483	0.184	8299	8782	100
2.7953-2.8855	0.2264	423	0.1799	8337	8760	100
2.8855-2.9886	0.2267	394	0.1772	8306	8700	100
2.9886-3.1083	0.2404	391	0.1826	8389	8780	100
3.1083-3.2497	0.2403	397	0.1801	8331	8728	100
3.2497-3.421	0.1965	428	0.1681	8321	8749	100
3.421-3.6354	0.192	479	0.153	8296	8775	100
3.6354-3.916	0.1964	383	0.1463	8366	8749	100
3.916-4.31	0.1644	468	0.1334	8301	8769	100
4.31-4.9335	0.1446	416	0.1153	8345	8761	100
4.9335-6.2148	0.1696	450	0.1421	8375	8825	100
6.2148-62.9219	0.1604	442	0.1383	8412	8854	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4229	0.2385	0.0727	0.5835	0.2364	0.7944	0.0189	-0.0704	0.049	-0.009	0.0777	-0.1664	-0.0558	0.1614	-0.0941	0.1654	0.012	0.0032	0.1606	-0.0739	0.2369	56.8896	58.6069	34.1937
2	0.7775	-0.3143	0.2716	0.7264	-0.0043	0.5743	0.0012	-0.0739	0.0383	0.0727	0.0005	0.1234	-0.0171	-0.0662	-0.0047	0.1671	-0.0317	0.031	0.1871	-0.0608	0.1983	22.2808	58.1939	43.3009
3	1.2128	-0.3301	-0.1169	0.6018	0.0718	0.4384	0.0202	0.1698	-0.2889	-0.0787	-0.0413	0.0657	0.0924	-0.0865	0.0196	0.1808	-0.0106	-0.0116	0.1521	-0.0496	0.2437	45.5575	18.7323	23.6837
4	0.899	0.1365	-0.0974	0.6211	-0.0889	0.4763	0.0416	-0.2725	-0.1392	0.1698	-0.025	-0.0798	0.068	0.0582	-0.0178	0.2089	-0.0167	-0.0308	0.2229	0.0044	0.1754	35.9522	20.3555	58.1062
5	0.8211	0.5333	-0.1026	0.6198	-0.1663	0.3574	-0.0667	0.0966	-0.0595	-0.0656	0.0553	0.0291	0.021	-0.0621	0.0135	0.1864	-0.0172	0.0114	0.2527	-0.1126	0.212	23.6705	98.3524	33.1934
6	0.3089	-0.1596	-0.1645	0.4716	-0.0733	0.4249	-0.0349	0.0166	-0.031	0.0398	0.0274	-0.1422	0.0279	0.0022	0.005	0.2004	-0.0411	-0.0081	0.2264	-0.0972	0.261	58.2698	98.9961	43.4665
7	0.4881	-0.0387	-0.05	0.4285	-0.178	0.5715	-0.0109	-0.0805	0.1679	-0.0311	-0.0189	0.0404	-0.1162	-0.1289	0.0314	0.1993	0.0329	-0.0202	0.2063	-0.09	0.2216	35.6068	138.0203	20.5648
8	0.8369	-0.0859	-0.3321	0.4649	0.1454	0.5782	0.004	-0.1477	0.0897	0.0873	0.02	-0.0024	-0.0784	-0.0644	-0.0207	0.2102	0.012	0.0052	0.2286	-0.0712	0.181	43.9906	137.4079	56.5462

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A	A	3 - 511
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B	B	3 - 511
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Chain C	C	3 - 511
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Chain D	D	3 - 511
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Chain E	E	3 - 511
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Chain F	F	3 - 511
7	X-RAY DIFFRACTION	7	Chain G	G	3 - 501
8	X-RAY DIFFRACTION	8	Chain H	H	3 - 511

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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