PDB-4znl: Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain bound to ADP B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4znl

タイトル

Thermus Phage P74-26 Large Terminase ATPase domain bound to ADP Beryllium Fluoride

要素

Phage terminase large subunit

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / DNA Translocation

機能・相同性

機能・相同性情報

viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 /

endonuclease activity /

ATP hydrolysis activity /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus phage P7426 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.068 Å

データ登録者

Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Duffy, C.M. / Kelch, B.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of the ATPase that powers viral genome packaging.
著者: Hilbert, B.J. / Hayes, J.A. / Stone, N.P. / Duffy, C.M. / Sankaran, B. / Kelch, B.A.

履歴

登録	2015年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4znl.cif.gz	340.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4znl.ent.gz	278.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4znl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/4znl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zniSC 4znjC 4znkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bua-d 3nuq-d 4znj-d 2f95-d 4fxw-2 4rot-d 4htp-2 4csk-d 5j3e-2 3qxl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phage terminase large subunit

B: Phage terminase large subunit

C: Phage terminase large subunit

ヘテロ分子

96.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Phage terminase large subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phage terminase large subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Phage terminase large subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.920, 76.920, 131.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Phage terminase large subunit 分子量: 31580.732 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus phage P7426 (ファージ) / 遺伝子: P74p84 / プラスミド: pet24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR DE3 / 参照: UniProt: A7XXR1

-
非ポリマー , 5種, 502分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION 分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: BeF₃
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 19% (w/v) PEG 3350, 0.05 M ammonium sulfate, and 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.068→38.46 Å / Num. obs: 51948 / % possible obs: 98.02 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.24
反射シェル	解像度: 2.068→2.142 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 6.39 / % possible all: 98.03

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZNI

4zni

解像度: 2.068→38.46 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2375	2400	4.62 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.198	51946	98.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.068→38.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6289	0	15	490	6794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6578
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	8955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.923	2446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	905
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1159

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.068-2.1107	0.3095	138	0.245	2867	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1107-2.1566	0.2668	142	0.2416	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1566-2.2068	0.2602	147	0.2222	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2068-2.2619	0.2715	147	0.2137	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2619-2.3231	0.2399	141	0.2038	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3231-2.3914	0.2445	143	0.1992	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3914-2.4686	0.2238	150	0.1909	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4686-2.5568	0.2784	148	0.1979	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5568-2.6592	0.2722	140	0.2029	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6592-2.7802	0.2502	140	0.201	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7802-2.9267	0.2401	151	0.1933	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9267-3.11	0.212	131	0.191	2963	X-RAY DIFFRACTION	99
3.11-3.35	0.223	141	0.1922	2915	X-RAY DIFFRACTION	98
3.35-3.6869	0.2421	142	0.1911	2783	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6869-4.2198	0.2177	134	0.1892	2701	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2198-5.3143	0.1988	128	0.1704	2645	X-RAY DIFFRACTION	89
5.3143-38.4666	0.2361	137	0.1931	2947	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0262	0.0187	-0.0039	0.0409	0.0428	0.2071	0.0527	0.0845	0.008	-0.1342	0.1151	0.0645	0.0742	-0.0683	0.1957	0.1359	-0.0498	0.0058	0.1841	0.0417	0.1889	-37.6073	67.1437	-12.9493
2	0.0598	-0.0074	0.0928	0.0369	0.0135	0.1621	0.0396	0.0142	-0.0357	0.0261	0.0225	0.0227	0.1223	-0.0312	0.0151	0.2278	-0.0408	0.0457	0.0961	0.0409	0.2429	-32.8958	65.2708	-18.352
3	0.1145	0.0369	-0.01	0.0148	-0.019	0.0847	-0.0482	-0.0178	-0.0154	0.0376	0.0005	0.0111	0.0212	0.0115	-0.0526	0.1295	0.054	-0.033	0.0591	-0.022	0.163	-23.2076	68.909	-14.4696
4	0.19	0.1104	-0.0502	0.1704	-0.0756	0.0412	0.1253	0.0529	0.1463	0.0754	0.0019	0.0712	0.0456	-0.1003	0.1553	0.1375	-0.0308	0.001	0.1045	0.0066	0.1796	-33.8928	73.7461	-20.2108
5	0.1125	0.0495	-0.0532	0.0525	-0.0174	0.0692	0.0147	0.0831	0.1252	-0.0033	0.0957	0.0984	-0.0916	-0.0905	0.0545	0.1298	0.0341	-0.0049	0.1066	0.0422	0.2043	-33.8599	84.9706	-19.793
6	0.0109	-0.0101	-0.0013	0.0088	0.0039	0.0046	0.0563	0.0698	-0.0035	0.0531	0.0252	0.0515	0.0513	-0.049	-0.0001	0.1793	-0.0395	0.0523	0.2763	0.0061	0.265	-45.3541	79.3843	-10.9106
7	0.0714	-0.0397	0.041	0.0451	-0.012	0.0682	-0.0561	-0.0299	0.0416	0.0379	-0.0337	0.0495	0.0032	-0.0173	-0.0814	0.2945	0.182	0.0864	0.2571	0.0608	0.3095	-42.3396	87.1814	-5.0903
8	0.0001	0.0004	0.0006	0	-0.0001	0	0.0189	0.0189	0.0557	0.0121	0.0425	0.042	-0.0895	-0.0706	0.0137	0.2074	0.0538	0.0279	0.1248	0.0573	0.3749	-38.4514	93.7474	-15.5859
9	0.0714	0.062	-0.0764	0.0532	-0.0486	0.1807	-0.0762	-0.0891	0.0337	0.1954	-0.0127	-0.0155	-0.0098	-0.0098	-0.0491	0.2518	0.1092	0.0861	0.222	0.0042	0.2232	-39.7455	85.1428	2.386
10	0.0932	-0.0182	-0.0493	0.0148	0.0164	0.031	0.0863	-0.0414	0.0716	-0.0134	0.1227	0.0193	-0.0384	0.024	0.0668	0.2374	-0.0302	0.0148	0.1568	0.0727	0.2297	-30.6381	89.5815	-21.096
11	0.1543	-0.0039	0.0855	0.0048	-0.0206	0.1445	-0.077	0.0645	0.1347	-0.0133	0.0985	-0.0299	-0.3414	0.114	0.054	0.1661	-0.0294	-0.0019	0.0925	0.0051	0.2093	-23.7438	84.6662	-22.9587
12	0.0144	-0.0129	-0.0074	0.0244	0.0105	0.0049	-0.019	0.0192	-0.066	0.1041	0.0254	-0.0569	0.0182	0.0703	0.0031	0.1923	0.0178	-0.0328	0.0947	-0.0381	0.1981	-19.8472	80.963	-14.7088
13	0.0591	0.0428	-0.001	0.0356	0.0152	0.0456	-0.0131	0.0276	0.0382	0.0011	0.0704	0.0513	-0.0034	-0.0262	0.0047	0.0789	0.0214	-0.0285	0.1259	-0.0115	0.21	-28.4539	74.1514	-27.994
14	0.1377	0.0683	0.0363	0.1117	-0.0328	0.0469	-0.0151	0.0706	0.0448	0.0044	0.1683	-0.128	0.1711	0.2334	0.1115	0.1362	0.0383	-0.022	0.1768	-0.0455	0.1866	-20.1236	69.9666	-30.4768
15	0.0599	-0.0072	-0.0664	0.0043	0.0056	0.0739	0.0307	0.0053	-0.0049	0.004	0.0085	0.0435	0.03	-0.0217	0.0123	0.198	-0.0758	-0.0147	0.1635	-0.0362	0.3118	-23.8363	59.9716	-36.3147
16	0.0297	-0.019	-0.003	0.0142	0.0008	0.0004	0.0099	-0.042	0.0493	0.0795	0.1159	-0.1663	0.031	0.1151	0.0613	0.1128	0.0531	-0.0345	0.2152	-0.0866	0.2044	-15.5798	65.1492	-26.3146
17	0.0413	0.0717	-0.0931	0.2628	-0.0976	0.2458	-0.0172	0.0277	0.0412	0.0582	0.1347	0.0468	0.106	-0.0154	0.136	0.2708	-0.0176	-0.0007	0.1158	0.0139	0.1719	-34.7514	63.639	-30.3598
18	0.0038	-0.0006	0.0029	0.006	0	0.0025	0.01	0.0516	0.0201	0.0245	0.0448	-0.0233	-0.0167	-0.079	-0.0001	0.6151	-0.1014	-0.1172	0.6782	0.2552	0.6031	-44.6999	62.5897	-35.3387
19	0.0193	0.0373	-0.0172	0.0803	-0.0595	0.1018	0.1419	-0.1208	-0.0874	0.0065	0.1009	0.0645	-0.1279	0.0152	0.0946	0.1622	-0.0186	-0.0336	0.1605	0.0154	0.1727	-37.1344	68.0671	-43.0622
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 136:162)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 163:174)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 175:180)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 181:197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 198:202)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 203:215)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 216:226)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 227:231)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 232:249)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 250:254)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 2:5)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 6:15)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 16:21)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 22:31)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 32:39)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 40:55)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 56:75)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 76:86)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 87:95)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 96:103)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 104:117)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 118:122)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 123:134)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 135:139)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 140:176)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 177:185)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 186:214)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 215:223)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 224:239)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 240:254)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 3:13)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 14:27)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 28:31)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 32:57)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 58:76)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain C and resid 77:91)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain C and resid 92:99)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain C and resid 100:103)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain C and resid 104:113)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain C and resid 114:128)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain C and resid 129:137)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain C and resid 138:141)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain C and resid 142:176)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain C and resid 177:185)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain C and resid 186:200)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain C and resid 201:213)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain C and resid 214:223)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain C and resid 224:233)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain C and resid 234:239)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain C and resid 240:253)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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