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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zlb | |||||||||
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タイトル | Structural studies on a non-toxic homologue of type II RIPs from Momordica charantia (bitter gourd) in complex with lactose | |||||||||
要素 | (rRNA N-glycosidaseRRNA-N-グリコシラーゼ) x 2 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / beta-trefoil / Type II RIPs / Galactose binding lectin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Momordica charantia (ゴーヤ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Chandran, T. / Sharma, A. / Vijayan, M. | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biosci. / 年: 2015 タイトル: Structural studies on a non-toxic homologue of type II RIPs from bitter gourd: Molecular basis of non-toxicity, conformational selection and glycan structure. 著者: Chandran, T. / Sharma, A. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. F Biol. Crystallogr. / 年: 2010 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of a galactose-specific lectin from the seeds of bitter gourd (Momordica charantia). 著者: Sharma, A. / Pohlentz, G. / Bobbili, K.B. / Jeyaprakash, A.A. / Chandran, T. / Mormann, M. / Swamy, M.J. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013 タイトル: The sequence and structure of snake gourd (Trichosanthes anguina) seed lectin, a three-chain nontoxic homologue of type II RIPs. 著者: Sharma, A. / Pohlentz, G. / Bobbili, K.B. / Jeyaprakash, A.A. / Chandran, T. / Mormann, M. / Swamy, M.J. / Vijayan, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zlb.cif.gz | 120.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zlb.ent.gz | 91.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zlb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/4zlb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 27642.234 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-270 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: B7X8M2, RRNA-N-グリコシラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29017.416 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 287-547 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: B7X8M2, RRNA-N-グリコシラーゼ |
-糖 , 6種, 6分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#6: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose |
#7: 糖 | ChemComp-NAG / |
#8: 糖 | ChemComp-XYP / |
-非ポリマー , 1種, 179分子
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.1M HEPES, 25% w/v PEG 10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月7日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors POLAR 0.000 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→69.79 Å / Num. obs: 26759 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0107 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Z8S 解像度: 2.55→69.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 16.327 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→69.79 Å
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拘束条件 |
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