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万見
- PDB-4yna: Oxidized YfiR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yna
タイトルOxidized YfiR
要素YfiR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Periplasmic Repressor Protein / oxidized form
機能・相同性YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like / ペリプラズム / Negative regulator YfiR
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Xu, M. / Jiang, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the Strategic Priority Research ProgramXDB08010301 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of YfiR from Pseudomonas aeruginosa in two redox states
著者: Yang, X. / Yang, X.-A. / Xu, M. / Zhou, L. / Fan, Z. / Jiang, T.
履歴
登録2015年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfiR
B: YfiR
C: YfiR
D: YfiR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7636
ポリマ－69,5714
非ポリマー1922
水0
1
A: YfiR
B: YfiR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9784
ポリマ－34,7862
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
2
C: YfiR
D: YfiR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7862
ポリマ－34,7862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.668, 119.668, 85.776
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
YfiR


分子量: 17392.783 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-190 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: yfiR, PA1121 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9I4L4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.8 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 10704 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Χ2: 0.969 / Net I/av σ(I): 10.424 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 74115
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.2-3.2670.4865100.867100
3.26-3.3170.4635330.85699.6
3.31-3.3870.3975230.829100
3.38-3.4570.3495340.84299.6
3.45-3.527.10.3365310.91100
3.52-3.66.90.3075321.10199.6
3.6-3.6970.2535170.925100
3.69-3.7970.2175250.93799.2
3.79-3.9170.2275301.11599.8
3.91-4.037.10.1845300.92999.4
4.03-4.1870.1785241.06799.2
4.18-4.3470.1465420.93999.3
4.34-4.5470.1235351.05399.1
4.54-4.7870.1115330.90198.9
4.78-5.086.90.1265321.04498.9
5.08-5.4770.1335450.9698.9
5.47-6.026.90.1365380.97998.9
6.02-6.896.80.1265420.96197.8
6.89-8.676.70.0765631.05497.1
8.67-5060.0545851.13294.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YN7

4yn7


解像度: 3.2→34.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 20.337 / SU ML: 0.373 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.687 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2808 450 4.8 %RANDOM
Rwork0.2463 ---
obs0.2479 8904 86.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 249.82 Å2 / Biso mean: 94.62 Å2 / Biso min: 23.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.18 Å20 Å2
3---4.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→34.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4584 0 10 0 4594
Biso mean--56.83 --
残基数----595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194673
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.9666335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8493.00310455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8025591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2121.963214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76115787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9561564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021118
LS精密化 シェル解像度: 3.196→3.279 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 28 -
Rwork0.238 433 -
all-461 -
obs--60.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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