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- PDB-4xou: Crystal structure of the SR Ca2+-ATPase in the Ca2-E1-MgAMPPCP fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xou
タイトルCrystal structure of the SR Ca2+-ATPase in the Ca2-E1-MgAMPPCP form determined by serial femtosecond crystallography using an X-ray free-electron laser.
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / P-type ATPase / Serial Femtosecond Crystallography / X-ray free electron laser
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / 筋小胞体 / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / : / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bublitz, M. / Nass, K. / Drachmann, N.D. / Markvardsen, A.J. / Gutmann, M.J. / Barends, T.R.M. / Mattle, D. / Shoeman, R.L. / Doak, R.B. / Boutet, S. ...Bublitz, M. / Nass, K. / Drachmann, N.D. / Markvardsen, A.J. / Gutmann, M.J. / Barends, T.R.M. / Mattle, D. / Shoeman, R.L. / Doak, R.B. / Boutet, S. / Messerschmidt, M. / Seibert, M.M. / Williams, G.J. / Foucar, L. / Reinhard, L. / Sitsel, O. / Gregersen, J.L. / Clausen, J.D. / Boesen, T. / Gotfryd, K. / Wang, K.-T. / Olesen, C. / Moller, J.V. / Nissen, P. / Schlichting, I.
資金援助 米国, デンマーク, 4件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
Danish Council for Independent Research0602-02495b デンマーク
Danish National Research Foundation デンマーク
European Research Council デンマーク
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2015
タイトル: Structural studies of P-type ATPase-ligand complexes using an X-ray free-electron laser.
著者: Bublitz, M. / Nass, K. / Drachmann, N.D. / Markvardsen, A.J. / Gutmann, M.J. / Barends, T.R. / Mattle, D. / Shoeman, R.L. / Doak, R.B. / Boutet, S. / Messerschmidt, M. / Seibert, M.M. / ...著者: Bublitz, M. / Nass, K. / Drachmann, N.D. / Markvardsen, A.J. / Gutmann, M.J. / Barends, T.R. / Mattle, D. / Shoeman, R.L. / Doak, R.B. / Boutet, S. / Messerschmidt, M. / Seibert, M.M. / Williams, G.J. / Foucar, L. / Reinhard, L. / Sitsel, O. / Gregersen, J.L. / Clausen, J.D. / Boesen, T. / Gotfryd, K. / Wang, K.T. / Olesen, C. / Moller, J.V. / Nissen, P. / Schlichting, I.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.52022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2676
ポリマ－109,6031
非ポリマー6655
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area43630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.000, 76.300, 151.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / ...SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hind leg / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle骨格筋 / 参照: UniProt: P04191, EC: 3.6.3.8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 % / 解説: Microcrystals
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: PEG 6000, sodium acetate, glycerol, tert-butanol, beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Ambient temp details: SFX / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 2.066 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→59.9 Å / Num. obs: 42416 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 17.3 % / Net I/σ(I): 1.13
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.39 / % possible all: 85.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1702)精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CASSdata processing
CrystFELdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N8G

3n8g


解像度: 2.8→59.87 Å / SU ML: 0.87 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 49.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3428 1200 2.89 %
Rwork0.304 --
obs0.3052 41471 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→59.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7671 0 35 0 7706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76210646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5532923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.91210.4988690.47553431X-RAY DIFFRACTION74
2.9121-3.04470.48811200.45734222X-RAY DIFFRACTION91
3.0447-3.20520.43021380.41184571X-RAY DIFFRACTION98
3.2052-3.4060.37471520.37574583X-RAY DIFFRACTION100
3.406-3.66890.37461270.34434665X-RAY DIFFRACTION100
3.6689-4.03810.34471460.31884662X-RAY DIFFRACTION100
4.0381-4.62220.34391560.30384631X-RAY DIFFRACTION100
4.6222-5.82270.34481480.2984719X-RAY DIFFRACTION100
5.8227-59.88340.3061440.2564787X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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