PDB-4xfe: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xfe

タイトル

Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Pseudomonas putida F1 (Pput_1203), Target EFI-500184, with bound D-glucuronate

要素

TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY /

ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida ND6 (シュードモナス・プチダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Pseudomonas putida F1 (Pput_1203), Target EFI-500184, with bound D-glucuronate
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R. ...

履歴

登録	2014年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月7日	Group: Experimental preparation
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xfe.cif.gz	184.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xfe.ent.gz	153 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xeq 4xf5
類似構造データ	4nq8-1 4pdd-3 4pdd-2 4ovr-2 4n15-d 6pq8-d 4pdd-1 4mhf-d 4pdh-d 4n8y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510184

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP

ヘテロ分子

39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.001, 35.054, 60.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.540, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-629- HOH
2	1	A-637- HOH

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質

TRAP dicarboxylate transporter subunit DctP

分子量: 38720.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas putida ND6 (シュードモナス・プチダ)
遺伝子: YSA_07416 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I3UZ52

#2: 糖

ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / D-GLUCURONIC ACID / β-D-グルコピラヌロン酸 /

グルクロン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpAb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸 /

CAPS (buffer)

分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.52 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (60.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-glucuronate); Reservoir (MCSG2(D3), 0.2M Lithium Sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 2.0 M Ammonium Sulfate); Cryoprotection (80% Reservoir, 20% glycerol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→59.99 Å / Num. obs: 53215 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 10.2 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 266420 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.4-1.43	5	0.78	2.3	13874	2774	0.722	0.381	99.9
7.41-59.99	3.5	0.088	16.6	1000	286	0.98	0.052	71.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

解像度: 1.4→26.503 Å / FOM work R set: 0.903 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1862	2699	5.07 %
R_work	0.1562	50501	-
obs	0.1577	53200	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.23 Å² / B_iso mean: 12.21 Å² / B_iso min: 2.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→26.503 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2377	0	56	309	2742
B_iso mean	-	-	14.46	23.55	-
残基数	-	-	-	-	306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.361	3350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.043	925

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4255	0.2349	149	0.2149	2604	2753	100
1.4255-1.4529	0.2559	142	0.2115	2677	2819	100
1.4529-1.4825	0.2635	152	0.1993	2644	2796	100
1.4825-1.5148	0.1976	140	0.1827	2686	2826	100
1.5148-1.55	0.2196	146	0.1792	2631	2777	100
1.55-1.5888	0.201	132	0.1611	2677	2809	100
1.5888-1.6317	0.1846	138	0.148	2680	2818	100
1.6317-1.6797	0.185	144	0.1464	2676	2820	100
1.6797-1.7339	0.1785	136	0.1417	2680	2816	100
1.7339-1.7959	0.1928	146	0.1453	2643	2789	100
1.7959-1.8678	0.1779	136	0.1384	2683	2819	100
1.8678-1.9527	0.1705	136	0.141	2698	2834	100
1.9527-2.0557	0.1777	124	0.1356	2692	2816	100
2.0557-2.1844	0.1702	151	0.1314	2673	2824	100
2.1844-2.353	0.1569	155	0.1345	2647	2802	99
2.353-2.5896	0.1757	137	0.1451	2685	2822	99
2.5896-2.9639	0.1784	152	0.1555	2655	2807	98
2.9639-3.7325	0.1837	146	0.1551	2656	2802	97
3.7325-26.508	0.1892	137	0.1747	2514	2651	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0595	0.0229	-0.053	0.0277	-0.0297	0.0461	-0.0001	0.1234	0.0278	-0.0143	0.0091	0.0095	-0.0281	-0.1027	-0.0011	0.04	0.0056	-0.0095	0.0461	0.0131	0.0473	35.6724	26.3452	24.9431
2	0.016	-0.0023	-0.0202	0.0402	-0.0039	0.0155	-0.1022	-0.0012	-0.0696	-0.0121	0.0381	-0.0432	0.0738	-0.0047	-0.0222	0.0591	-0.0212	0.006	0.0613	-0.0109	0.0793	34.1974	11.6203	30.5875
3	0.1614	0.0505	-0.1167	0.1398	0.1111	0.1383	-0.0167	0.007	-0.0087	0.0297	0.0208	-0.0071	0.0136	0.0625	-0.0009	0.0377	0.0038	-0.0068	0.0459	-0.0085	0.0394	46.0124	18.3067	41.5835
4	0.4171	-0.0725	-0.1936	0.0787	-0.0245	0.2666	-0.1289	-0.2468	0.0906	0.1954	-0.0415	0.0179	-0.0156	0.0612	-0.0292	0.0771	-0.0095	0.007	0.0533	-0.0058	0.0842	37.8554	9.5348	52.4461
5	0.1879	-0.002	-0.0076	0.1404	-0.1224	0.261	0.0299	0.0304	0.0465	0.0315	0.009	0.0366	-0.0448	-0.0114	0.0033	0.0346	-0.0014	0.0088	0.0218	-0.0076	0.0318	37.1325	23.6885	41.7371
6	0.0404	0.0055	-0.0103	-0.0017	-0.0201	0.0547	-0.0093	-0.0585	-0.0114	0.0191	-0.0517	-0.1124	-0.0186	0.1612	0.007	0.062	-0.004	-0.0125	0.1047	0.0067	0.0702	56.7394	17.826	49.1145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 63 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 80 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 163 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 191 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 192 through 294 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 295 through 330 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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