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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wog | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Frutalin from Artocarpus incisa | ||||||
要素 | Frutalin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / alpha-D-galactose-binding lectin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Artocarpus incisa (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.813 Å | ||||||
データ登録者 | Pereira, H.M. / Moreira, A.C.O.M. / Vieira Neto, A.E. / Moreno, F.B.M.B. / Lobo, M.D.P. / Sousa, F.D. / Grangeiro, T.B. / Moreira, R.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Frutalin from Artocarpus incisa 著者: Pereira, H.M. / Moreira, A.C.O.M. / Vieira Neto, A.E. / Moreno, F.B.M.B. / Lobo, M.D.P. / Sousa, F.D. / Grangeiro, T.B. / Moreira, R.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wog.cif.gz | 254.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wog.ent.gz | 205.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/4wog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/4wog | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3p8sS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16986.986 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus incisa (植物) / 参照: UniProt: A0A0R4I968*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 30mM Ethylene Glycols, 100mM Bicine/Tris pH 8.5. (E12 Morpheus) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月6日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.81→27.02 Å / Num. obs: 59769 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 14.91 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 240259 / Scaling rejects: 146 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3P8S 解像度: 1.813→26.742 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.14 Å2 / Biso mean: 19.3262 Å2 / Biso min: 6.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.813→26.742 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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