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- PDB-4wk5: Crystal structure of a Isoprenoid Synthase family member from The... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wk5
タイトルCrystal structure of a Isoprenoid Synthase family member from Thermotoga neapolitana DSM 4359, target EFI-509458
要素Geranyltranstransferase(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Isoprenoid Synthase / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


isoprenoid biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga neapolitana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Poulter, C.D. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Isoprenoid Synthase family member from Thermotoga neapolitana DSM 4359, target EFI-509458
著者: Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, ...著者: Toro, R. / Bhosle, R. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Poulter, C.D. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranyltranstransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4841
ポリマ－33,4841
非ポリマー00
水2,810156
1
A: Geranyltranstransferase

A: Geranyltranstransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9672
ポリマ－66,9672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area3600 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.223, 118.458, 79.685
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

21A-333-

HOH

31A-358-

HOH

詳細biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Geranyltranstransferase / (2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ / Isoprenoid Synthase


分子量: 33483.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (バクテリア)
株: DSM 4359 / 遺伝子: CTN_0526 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9K6W9
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Protein (24.6 mg/ml, 10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol); Reservoir (0.8 M Ammonium Sulfate, 0.1 M tri-Sodium Citrate pH 4)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 37530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.763 / Net I/av σ(I): 37.904 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 274712
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.7-1.737.30.97518260.7610.3881.361100
1.73-1.767.30.84418430.8140.3371.3621000.909
1.76-1.797.30.73918490.8190.2951.4081000.797
1.79-1.837.30.59118770.8820.2351.3981000.637
1.83-1.877.40.50918490.9230.2021.4071000.548
1.87-1.917.30.40618430.9410.1611.4511000.437
1.91-1.967.40.34918540.9580.1381.4341000.376
1.96-2.027.40.27518690.9720.1081.4521000.296
2.02-2.077.40.20918600.9830.0821.4941000.224
2.07-2.147.40.16618530.9880.0661.5021000.179
2.14-2.227.40.13918880.9920.0551.491000.149
2.22-2.317.40.12718710.9930.051.5551000.136
2.31-2.417.40.11318630.9930.0451.7861000.121
2.41-2.547.40.11518790.9920.0462.2291000.124
2.54-2.77.20.10318750.9930.0422.4641000.111
2.7-2.917.20.09318920.9950.0382.7441000.1
2.91-3.27.30.0819030.9950.0322.81000.086
3.2-3.667.40.04919060.9980.0191.8881000.053
3.66-4.617.30.0419250.9990.0161.9091000.043
4.61-1006.90.04420050.9980.0192.10599.20.048

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→26.551 Å / FOM work R set: 0.8699 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 1754 4.68 %
Rwork0.1789 35749 -
obs0.1802 37503 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.71 Å2 / Biso mean: 33.04 Å2 / Biso min: 12.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→26.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 0 0 156 2181
Biso mean---43.79 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0112864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7797
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6954-1.74120.27981290.24182515264493
1.7412-1.79250.26281400.218127252865100
1.7925-1.85030.20771390.206227512890100
1.8503-1.91640.22531350.193527362871100
1.9164-1.99310.1881340.185427302864100
1.9931-2.08380.19121190.17227552874100
2.0838-2.19360.20711340.159727372871100
2.1936-2.3310.19961470.167927302877100
2.331-2.51080.19821410.174727692910100
2.5108-2.76330.21961230.189427942917100
2.7633-3.16250.21391360.190427722908100
3.1625-3.98230.20451230.168528252948100
3.9823-26.55470.19711540.173329103064100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19490.0891-0.41620.55990.39530.5959-0.21420.15180.0582-0.51220.24110.00970.06040.1477-0.00070.2279-0.03890.0030.2283-0.01460.130510.57734.746520.7378
20.51580.07830.40120.71770.29620.7105-0.06960.10460.1035-0.08830.102-0.0739-0.09790.04580.00010.183-0.03260.01440.1761-0.00860.166811.479110.019629.0753
30.46850.02180.44290.91540.19091.45-0.10810.0419-0.0699-0.03680.08720.0169-0.104-0.1476-0.00370.17420.01550.00810.16840.01050.10461.41134.178532.7481
40.11640.18850.11350.51880.0560.75460.0062-0.08730.2330.10780.1151-0.1486-0.10530.09470.00030.16470.0118-0.01470.1727-0.0020.168810.568.549445.1534
50.33520.44350.10121.40310.03540.7797-0.1277-0.09240.29790.28530.1156-0.0756-0.0940.0247-0.00270.22810.009-0.0250.1695-0.0210.216610.170117.806944.9646
60.7342-0.488-0.14610.8345-0.06610.4859-0.0048-0.09020.25540.20950.07640.0398-0.1359-0.0446-0.00020.21810.0095-0.0010.2012-0.0090.41186.604127.715341.2659
70.66610.2250.10150.59530.97311.7127-0.57770.30510.8875-0.60350.0341-0.2307-0.7028-0.0027-0.27490.3251-0.0536-0.06470.21770.06560.455316.481528.437829.3813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 20 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 74 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 120 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 144 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 145 through 183 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 184 through 252 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 253 through 268 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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