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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4who | |||||||||
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タイトル | Resting Protocatechuate 3,4-dioxygenase (pseudomonas putida) at pH 8.5 | |||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dioxygen activation / non-heme iron / intradiol dioxygenase / aromatic ring cleavage / catalytic intermediates | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロトカテク酸-3,4-ジオキシゲナーゼ / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å | |||||||||
データ登録者 | Knoot, C.J. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Crystal structures of alkylperoxo and anhydride intermediates in an intradiol ring-cleaving dioxygenase. 著者: Knoot, C.J. / Purpero, V.M. / Lipscomb, J.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4who.cif.gz | 285 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4who.ent.gz | 226.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4who.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/4who ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/4who | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 AEC
#1: タンパク質 | 分子量: 22278.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 遺伝子: pcaG / プラスミド: pCE120K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P00436, プロトカテク酸-3,4-ジオキシゲナーゼ |
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-Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta ... , 2種, 3分子 BDF
#2: タンパク質 | 分子量: 26712.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 遺伝子: pcaH / プラスミド: pCE120K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P00437, プロトカテク酸-3,4-ジオキシゲナーゼ |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26696.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 遺伝子: pcaH / プラスミド: pCE120K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P00437, プロトカテク酸-3,4-ジオキシゲナーゼ |
-非ポリマー , 4種, 922分子
#4: 化合物 | ChemComp-BCT / | ||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.2 M Ammonium Sulfate, 2.5 mM 2-mercaptoethanol, 100 mM Tris-HCl pH 8.5; 2:1 ratio of well sol. to 40 mg/ml protein solution in drop |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 121908 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 7.365 / Net I/av σ(I): 24.779 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 559978 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3T63 解像度: 1.83→32.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.2108 / WRfactor Rwork: 0.1762 / FOM work R set: 0.878 / SU B: 2.183 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.139 / SU Rfree: 0.1299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.05 Å2 / Biso mean: 22.134 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.83→32.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20
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