[日本語] English
万見
- PDB-4wft: Crystal structure of tRNA-dihydrouridine(20) synthase dsRBD domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wft
タイトルCrystal structure of tRNA-dihydrouridine(20) synthase dsRBD domain
要素tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase inhibitor activity / antiviral innate immune response / NADPH binding / PKR-mediated signaling / FMN binding ...tRNA-dihydrouridine20 synthase [NAD(P)+] / tRNA-dihydrouridine20 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / protein kinase inhibitor activity / antiviral innate immune response / NADPH binding / PKR-mediated signaling / FMN binding / double-stranded RNA binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding / 小胞体 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DUS2, double-stranded RNA binding domain / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...DUS2, double-stranded RNA binding domain / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Aldolase-type TIM barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bou-Nader, C. / Pecqueur, L. / Kamah, A. / Bregeon, D. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Guimaraes, B.G. / Fontecave, M. / Hamdane, D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: An extended dsRBD is required for post-transcriptional modification in human tRNAs.
著者: Bou-Nader, C. / Pecqueur, L. / Bregeon, D. / Kamah, A. / Guerineau, V. / Golinelli-Pimpaneau, B. / Guimaraes, B.G. / Fontecave, M. / Hamdane, D.
履歴
登録2014年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like
A: tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like
B: tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1863
ポリマ－41,1863
非ポリマー00
水6,612367
1
C: tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7291
ポリマ－13,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7291
ポリマ－13,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7291
ポリマ－13,7291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.130, 55.130, 114.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 tRNA-dihydrouridine(20) synthase [NAD(P)+]-like / Dihydrouridine synthase 2 / Up-regulated in lung cancer protein 8 / URLC8 / tRNA-dihydrouridine ...Dihydrouridine synthase 2 / Up-regulated in lung cancer protein 8 / URLC8 / tRNA-dihydrouridine synthase 2-like / hDUS2


分子量: 13728.697 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 338-450 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUS2, DUS2L / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR Codon Plus
参照: UniProt: Q9NX74, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein 20 mg/mL precipitant: HEPES 100 mM pH 6.5, sodium acetate 100 mM, PEG 2000 MME 30%

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 111
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 121.7712
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2014年3月17日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2011年9月23日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.77121
反射解像度: 1.7→39.74 Å / Num. all: 38156 / Num. obs: 38156 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 4.51 % / Net I/σ(I): 22.06
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3364 / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / % possible all: 97.65

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→39.738 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1802 1876 5 %
Rwork0.163 --
obs0.1639 37509 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 0 367 2609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0473076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.409888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7002-1.74610.2411440.21632729X-RAY DIFFRACTION100
1.7461-1.79750.23451430.1872732X-RAY DIFFRACTION100
1.7975-1.85550.22641450.19242739X-RAY DIFFRACTION100
1.8555-1.92190.21111420.1772704X-RAY DIFFRACTION100
1.9219-1.99880.19441450.16552748X-RAY DIFFRACTION100
1.9988-2.08980.19041440.16042741X-RAY DIFFRACTION100
2.0898-2.19990.21861450.16892764X-RAY DIFFRACTION100
2.1999-2.33780.18971440.17112726X-RAY DIFFRACTION100
2.3378-2.51820.21791440.17222748X-RAY DIFFRACTION100
2.5182-2.77160.19781450.17342740X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-3.17250.16811430.17282728X-RAY DIFFRACTION100
3.1725-3.99640.15681450.14392754X-RAY DIFFRACTION100
3.9964-39.74860.14631470.1482780X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.2405 Å / Origin y: -1.2345 Å / Origin z: 4.3064 Å
111213212223313233
T0.1552 Å20.021 Å2-0.0378 Å2-0.1141 Å20.0165 Å2--0.1296 Å2
L0.1485 °20.1647 °2-0.2319 °2-0.9709 °2-0.0154 °2--0.1226 °2
S-0.0113 Å °-0.0639 Å °0.0137 Å °-0.1013 Å °0.01 Å °-0.0322 Å °-0.011 Å °-0.0524 Å °-0.0017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る