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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v8n | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of agmatidine tRNA-Ile2 bound to the 70S ribosome in the A and P site. | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / AGMATIDINE / TRNA (転移RNA) / TRNAILE2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) ...large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Voorhees, R.M. / Mandal, D. / Neubauer, C. / Koehrer, C. / RajBhandary, U.L. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013 タイトル: The Structural Basis for Specific Decoding of Aua by Isoleucine tRNA on the Ribosome 著者: Voorhees, R.M. / Mandal, D. / Neubauer, C. / Koehrer, C. / Rajbhandary, U.L. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v8n.cif.gz | 7.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v8n.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v8n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2j00 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 14分子 AACAAVAYCVCYAWCWAXCXBADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AVY. 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969 #22: RNA鎖 | 分子量: 25213.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) #23: RNA鎖 | 分子量: 25096.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HALOARCULA MARISMORTUI (好塩性) #24: RNA鎖 | 分子量: 7858.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) #35: RNA鎖 | 分子量: 947935.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969 #36: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969 |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80371 #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80372 #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80373 #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P17291 #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80374 #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80376 #12: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80377 #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80380 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 62分子 B0D0B1D1B2D2B3D3B4D4B5D5B6D6B7D7B8D8B9D9BCDCBDDDBEDEBFDFBGDG...
-非ポリマー , 1種, 4分子
#58: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.1 詳細: 0.1 M TRIS-ACETATE PH 7, 0.2 M KSCN, 3.5-5.5% (W/V) PEG 20K, AND 3.5-5.5% (W/V) PEG 550 MONOMETHYL ETHER |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9771 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9771 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 1046021 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 57.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 76.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2J00 2j00 解像度: 3.1→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT / Bsol: 33.5293 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 101.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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