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- PDB-4v8e: Crystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8e
タイトルCrystal structure analysis of ribosomal decoding (near-cognate tRNA-tyr complex).
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA5SリボソームRNA
  • MRNA伝令RNA
  • RNA (2912-MER)
  • TRNA-FMET
  • TRNA-TYR
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / RNA (リボ核酸) / tRNA (転移RNA) / translation (翻訳 (生物学)) / mRNA (伝令RNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
osmium (III) hexammine / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...osmium (III) hexammine / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jenner, L. / Demeshkina, N. / Yusupov, M. / Yusupova, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: A new understanding of the decoding principle on the ribosome.
著者: Demeshkina, N. / Jenner, L. / Westhof, E. / Yusupov, M. / Yusupova, G.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3UZF, 3UZG, 3UZH, 3UZI
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02019年7月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: RNA (2912-MER)
AB: 5S RIBOSOMAL RNA
AD: 50S ribosomal protein L2
AE: 50S ribosomal protein L3
AF: 50S ribosomal protein L4
AG: 50S ribosomal protein L5
AH: 50S ribosomal protein L6
AK: 50S ribosomal protein L9
AM: 50S ribosomal protein L13
AN: 50S ribosomal protein L14
AO: 50S ribosomal protein L15
AP: 50S ribosomal protein L16
A0: 50S ribosomal protein L17
AQ: 50S ribosomal protein L18
AR: 50S ribosomal protein L19
A1: 50S ribosomal protein L20
A2: 50S ribosomal protein L21
AS: 50S ribosomal protein L22
AT: 50S ribosomal protein L23
AU: 50S ribosomal protein L24
AV: 50S ribosomal protein L25
A3: 50S ribosomal protein L27
AZ: 50S ribosomal protein L28
AW: 50S ribosomal protein L29
AX: 50S ribosomal protein L30
A4: 50S ribosomal protein L31
A5: 50S ribosomal protein L32
A6: 50S ribosomal protein L33
A7: 50S ribosomal protein L34
A8: 50S ribosomal protein L35
BA: 16S ribosomal RNA
BE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
BF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
BG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
BH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
BI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
BJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
BK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
BL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
BM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
BN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
BO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
BQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
BR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
BS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
BT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
BU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
BV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
BW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
BX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
BB: TRNA-TYR
BC: TRNA-FMET
BD: TRNA-TYR
B1: MRNA
CA: RNA (2912-MER)
CB: 5S RIBOSOMAL RNA
CD: 50S ribosomal protein L2
CE: 50S ribosomal protein L3
CF: 50S ribosomal protein L4
CG: 50S ribosomal protein L5
CH: 50S ribosomal protein L6
CK: 50S ribosomal protein L9
CM: 50S ribosomal protein L13
CN: 50S ribosomal protein L14
CO: 50S ribosomal protein L15
CP: 50S ribosomal protein L16
C0: 50S ribosomal protein L17
CQ: 50S ribosomal protein L18
CR: 50S ribosomal protein L19
C1: 50S ribosomal protein L20
C2: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
C3: 50S ribosomal protein L27
CZ: 50S ribosomal protein L28
CW: 50S ribosomal protein L29
CX: 50S ribosomal protein L30
C4: 50S ribosomal protein L31
C5: 50S ribosomal protein L32
C6: 50S ribosomal protein L33
C7: 50S ribosomal protein L34
C8: 50S ribosomal protein L35
DA: 16S ribosomal RNA
DE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
DF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
DG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
DH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
DI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
DJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
DK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
DL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
DM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
DN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
DO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
DP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
DQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
DR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
DS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
DT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
DU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
DV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
DW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
DX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
DB: TRNA-TYR
DC: TRNA-FMET
DD: TRNA-TYR
D1: MRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,712,1491720
ポリマ－4,486,266110
非ポリマー225,8821610
水0
1
AA: RNA (2912-MER)
AB: 5S RIBOSOMAL RNA
AD: 50S ribosomal protein L2
AE: 50S ribosomal protein L3
AF: 50S ribosomal protein L4
AG: 50S ribosomal protein L5
AH: 50S ribosomal protein L6
AK: 50S ribosomal protein L9
AM: 50S ribosomal protein L13
AN: 50S ribosomal protein L14
AO: 50S ribosomal protein L15
AP: 50S ribosomal protein L16
A0: 50S ribosomal protein L17
AQ: 50S ribosomal protein L18
AR: 50S ribosomal protein L19
A1: 50S ribosomal protein L20
A2: 50S ribosomal protein L21
AS: 50S ribosomal protein L22
AT: 50S ribosomal protein L23
AU: 50S ribosomal protein L24
AV: 50S ribosomal protein L25
A3: 50S ribosomal protein L27
AZ: 50S ribosomal protein L28
AW: 50S ribosomal protein L29
AX: 50S ribosomal protein L30
A4: 50S ribosomal protein L31
A5: 50S ribosomal protein L32
A6: 50S ribosomal protein L33
A7: 50S ribosomal protein L34
A8: 50S ribosomal protein L35
BA: 16S ribosomal RNA
BE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
BF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
BG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
BH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
BI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
BJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
BK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
BL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
BM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
BN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
BO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
BQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
BR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
BS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
BT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
BU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
BV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
BW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
BX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
BB: TRNA-TYR
BC: TRNA-FMET
BD: TRNA-TYR
B1: MRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,360,861906
ポリマ－2,243,13355
非ポリマー117,728851
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: RNA (2912-MER)
CB: 5S RIBOSOMAL RNA
CD: 50S ribosomal protein L2
CE: 50S ribosomal protein L3
CF: 50S ribosomal protein L4
CG: 50S ribosomal protein L5
CH: 50S ribosomal protein L6
CK: 50S ribosomal protein L9
CM: 50S ribosomal protein L13
CN: 50S ribosomal protein L14
CO: 50S ribosomal protein L15
CP: 50S ribosomal protein L16
C0: 50S ribosomal protein L17
CQ: 50S ribosomal protein L18
CR: 50S ribosomal protein L19
C1: 50S ribosomal protein L20
C2: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
C3: 50S ribosomal protein L27
CZ: 50S ribosomal protein L28
CW: 50S ribosomal protein L29
CX: 50S ribosomal protein L30
C4: 50S ribosomal protein L31
C5: 50S ribosomal protein L32
C6: 50S ribosomal protein L33
C7: 50S ribosomal protein L34
C8: 50S ribosomal protein L35
DA: 16S ribosomal RNA
DE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
DF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
DG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
DH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
DI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
DJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
DK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
DL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
DM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
DN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
DO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
DP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
DQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
DR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
DS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
DT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
DU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
DV: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
DW: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
DX: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
DB: TRNA-TYR
DC: TRNA-FMET
DD: TRNA-TYR
D1: MRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,351,287814
ポリマ－2,243,13355
非ポリマー108,154759
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.250, 450.870, 622.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 14分子 AACAABCBBADABBBDDBDDBCDCB1D1

#1: RNA鎖 RNA (2912-MER)


分子量: 947013.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#2: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#31: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 489002.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: GenBank: AP008226.1
#52: RNA鎖
TRNA-TYR


分子量: 27402.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 参照: GenBank: AP012306.1
#53: RNA鎖 TRNA-FMET


分子量: 24801.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: GenBank: AP012306.1
#54: RNA鎖 MRNA / 伝令RNA


分子量: 5177.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 ADCDAECEAFCFAGCGAHCHAKCKAMCMANCNAOCOAPCPA0C0AQCQARCRA1C1A2C2...

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60405
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60488
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60489
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60490
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60491
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60492
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60493
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P60494
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80339
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P35871
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80340
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SKU1

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 BEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBJDJBKDKBLDLBMDMBNDNBODOBPDPBQDQBRDRBSDS...

#32: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#33: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#34: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 /


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#35: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#36: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 /


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#37: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#38: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#39: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 /


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#40: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#41: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#42: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 /


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#43: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#44: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 /


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#45: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#46: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#47: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 /


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#48: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 /


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#49: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#50: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 /


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#51: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX / リボソーム


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
非ポリマー , 3種, 1610分子

#55: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 894 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物...
ChemComp-OHX / osmium (III) hexammine / osmium(6+) hexaazanide


分子量: 286.365 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 合成 / 式: H12N6Os
#57: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月11日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→300 Å / Num. all: 962504 / Num. obs: 962434 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 95.831 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.299 / Net I/σ(I): 8.53
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
3.2-3.31.171549319842961100
3.3-3.41.61384863747511100
3.4-3.51.931241346664931100
3.5-3.62.431168250592191100
3.6-3.73.041047225531361100
3.7-44.2925011231293031100
4-4.256.11523492817341100
4.25-4.57.921235379646671100
4.5-4.759.681011767517471100
4.75-511.27812464419741100
5-614.2719869731066121100
6-7181051067544291100
7-821.21543168306651100
8-923.57326045185941100
9-1026.77441278119801100
10-5033.481150794325281100
50-20075.474662305197.8
200-30047.2231133.3
1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_810精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
RemDAqデータ収集
PHENIXモデル構築
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→256.189 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8272 / SU ML: 0.97 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 1825 0.21 %Random
Rwork0.206 ---
obs0.2061 878027 99.98 %-
all-962504 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.746 Å2 / ksol: 0.234 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 254.47 Å2 / Biso mean: 91.1434 Å2 / Biso min: 18.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.3825 Å20 Å20 Å2
2--3.4306 Å20 Å2
3---19.9519 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→256.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26679 65324 0 0 92003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014340109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.694500297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07262114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00426270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.943153261
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.3-3.38920.30981390.28356703767176
3.3892-3.4890.31961400.26926688667026
3.489-3.60160.28991400.2436703567175
3.6016-3.73030.25891400.21766703567175
3.7303-3.87970.26271390.20476710267241
3.8797-4.05630.27041400.20036714667286
4.0563-4.27020.27581400.1916714467284
4.2702-4.53770.24371400.18316726667406
4.5377-4.88810.24121400.17326736267502
4.8881-5.38010.24331410.17186746067601
5.3801-6.15860.23721400.17656762967769
6.1586-7.75930.22631410.1986794968090
7.7593-256.96390.27811450.23886915169296

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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