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万見
- PDB-4v7q: Atomic model of an infectious rotavirus particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7q
タイトルAtomic model of an infectious rotavirus particle
要素
  • Core scaffold protein
  • Intermediate capsid protein VP6
  • Outer capsid protein VP4
  • Outer layer protein VP7
キーワードVIRUS / Rotavirus / Triple Layered Particle / Near Atomic Resolution / VP2 / VP6 / VP4 / VP7 / Double layered particle / de novo / Infectious / DLP / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / T=2 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / T=2 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / viral nucleocapsid / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain ...Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Viral capsid/haemagglutinin protein / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Inner capsid protein VP2 / Outer capsid protein VP4 / Outer capsid glycoprotein VP7 / Outer capsid glycoprotein VP7
類似検索 - 構成要素
生物種Simian rotavirus A (ウイルス)
Rhesus rotavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Settembre, E.C. / Chen, J.Z. / Dormitzer, P.R. / Grigorieff, N. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2011
タイトル: Atomic model of an infectious rotavirus particle.
著者: Ethan C Settembre / James Z Chen / Philip R Dormitzer / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison /
要旨: Non-enveloped viruses of different types have evolved distinct mechanisms for penetrating a cellular membrane during infection. Rotavirus penetration appears to occur by a process resembling ...Non-enveloped viruses of different types have evolved distinct mechanisms for penetrating a cellular membrane during infection. Rotavirus penetration appears to occur by a process resembling enveloped-virus fusion: membrane distortion linked to conformational changes in a viral protein. Evidence for such a mechanism comes from crystallographic analyses of fragments of VP4, the rotavirus-penetration protein, and infectivity analyses of structure-based VP4 mutants. We describe here the structure of an infectious rotavirus particle determined by electron cryomicroscopy (cryoEM) and single-particle analysis at about 4.3 Å resolution. The cryoEM image reconstruction permits a nearly complete trace of the VP4 polypeptide chain, including the positions of most side chains. It shows how the two subfragments of VP4 (VP8(*) and VP5(*)) retain their association after proteolytic cleavage, reveals multiple structural roles for the β-barrel domain of VP5(*), and specifies interactions of VP4 with other capsid proteins. The virion model allows us to integrate structural and functional information into a coherent mechanism for rotavirus entry.
履歴
登録2010年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3IYU, 3N09
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / em_image_scans / Item: _audit_author.name
改定 1.32019年12月18日Group: Database references / Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5199
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5199
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Core scaffold protein
AB: Core scaffold protein
AC: Intermediate capsid protein VP6
AD: Intermediate capsid protein VP6
AE: Intermediate capsid protein VP6
AF: Intermediate capsid protein VP6
AG: Intermediate capsid protein VP6
AH: Intermediate capsid protein VP6
AI: Intermediate capsid protein VP6
AJ: Intermediate capsid protein VP6
AK: Intermediate capsid protein VP6
AL: Intermediate capsid protein VP6
AM: Intermediate capsid protein VP6
AN: Intermediate capsid protein VP6
AO: Intermediate capsid protein VP6
BA: Outer layer protein VP7
BF: Outer layer protein VP7
BG: Outer layer protein VP7
BH: Outer layer protein VP7
BI: Outer layer protein VP7
BJ: Outer layer protein VP7
BK: Outer layer protein VP7
BL: Outer layer protein VP7
BM: Outer layer protein VP7
BN: Outer layer protein VP7
BO: Outer layer protein VP7
BP: Outer layer protein VP7
BQ: Outer layer protein VP7
BX: Outer capsid protein VP4
BY: Outer capsid protein VP4
BZ: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,440,03844
ポリマ－1,436,51931
非ポリマー3,51913
水00
1
AA: Core scaffold protein
AB: Core scaffold protein
AC: Intermediate capsid protein VP6
AD: Intermediate capsid protein VP6
AE: Intermediate capsid protein VP6
AF: Intermediate capsid protein VP6
AG: Intermediate capsid protein VP6
AH: Intermediate capsid protein VP6
AI: Intermediate capsid protein VP6
AJ: Intermediate capsid protein VP6
AK: Intermediate capsid protein VP6
AL: Intermediate capsid protein VP6
AM: Intermediate capsid protein VP6
AN: Intermediate capsid protein VP6
AO: Intermediate capsid protein VP6
BA: Outer layer protein VP7
BF: Outer layer protein VP7
BG: Outer layer protein VP7
BH: Outer layer protein VP7
BI: Outer layer protein VP7
BJ: Outer layer protein VP7
BK: Outer layer protein VP7
BL: Outer layer protein VP7
BM: Outer layer protein VP7
BN: Outer layer protein VP7
BO: Outer layer protein VP7
BP: Outer layer protein VP7
BQ: Outer layer protein VP7
BX: Outer capsid protein VP4
BY: Outer capsid protein VP4
BZ: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,402,2782640
ポリマ－86,191,1351860
非ポリマー211,144780
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 4種, 31分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOBABFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBXBYBZ

#1: タンパク質 Core scaffold protein / Core shell protein VP2


分子量: 93190.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian rotavirus A (ウイルス) / 株: RRV / 遺伝子: Rotavirus / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: B3F2X3
#2: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6


分子量: 44934.766 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhesus rotavirus (ウイルス) / 株: RRV / 遺伝子: Rotavirus / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: B2BN53
#3: タンパク質
Outer layer protein VP7


分子量: 31232.234 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian rotavirus A (ウイルス) / 株: RRV / Cell (発現宿主): KIDNEY CELLS / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: C3RX25, UniProt: P12476*PLUS
#4: タンパク質 Outer capsid protein VP4


分子量: 86655.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian rotavirus A (ウイルス) / 株: RRV / Cell (発現宿主): KIDNEY CELLS / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Chlorocebus sabaeus (オナガザル) / 参照: UniProt: C3RX20

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糖 , 2種, 8分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 5分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Rotavirus Triple Layered ParticleVIRUSThe sample was monodisperse0
2Rhesus Rotavirus (RRV) TLP1
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Macaca mulatta / 株: Monkey Kidney Cells
緩衝液名称: 20 mM Tris / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: in normal coldroom environment, ETHANE, manual plunger, front blotting for 3s before plunging, temperature 90 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2008年3月1日
詳細: Cut-plate film holders to reduce electron back-scattering
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 56772 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 90 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

CTF補正詳細: individual particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 3.8 Å / 粒子像の数: 4187 / 詳細: icosahedral (I2) averaging / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数54043 0 5 0 54048

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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