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万見
- PDB-4urm: Crystal Structure of Staph GyraseB 24kDa in complex with Kibdelomycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4urm
タイトルCrystal Structure of Staph GyraseB 24kDa in complex with Kibdelomycin
要素DNA GYRASE SUBUNIT BDNAジャイレース
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / ANTIBIOTICS (抗生物質) / GYRASE (DNAジャイレース) / TOPOISOMERASE IV / NATURAL PRODUCT (天然物化学)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / 染色体 / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. ...DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XAM / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Lu, J. / Patel, S. / Sharma, N. / Soisson, S. / Kishii, R. / Takei, M. / Fukuda, Y. / Lumb, K.J. / Singh, S.B.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structures of Kibdelomycin Bound to Staphylococcus Aureus Gyrb and Pare Showed a Novel U-Shaped Binding Mode.
著者: Lu, J. / Patel, S. / Sharma, N. / Soisson, S.M. / Kishii, R. / Takei, M. / Fukuda, Y. / Lumb, K.J. / Singh, S.B.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA GYRASE SUBUNIT B
B: DNA GYRASE SUBUNIT B
C: DNA GYRASE SUBUNIT B
D: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5148
ポリマ－102,7544
非ポリマー3,7594
水32418
1
A: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6282
ポリマ－25,6891
非ポリマー9401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6282
ポリマ－25,6891
非ポリマー9401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6282
ポリマ－25,6891
非ポリマー9401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA GYRASE SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6282
ポリマ－25,6891
非ポリマー9401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.280, 75.550, 90.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA GYRASE SUBUNIT B / DNAジャイレース / GYRASEB


分子量: 25688.619 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-231 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0K8, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物
ChemComp-XAM / (1R,4aS,5S,6S,8aR)-5-{[(5S)-1-(3-O-acetyl-4-O-carbamoyl-6-deoxy-2-O-methyl-alpha-L-talopyranosyl)-4-hydroxy-2-oxo-5-(propan-2-yl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl]carbonyl}-6-methyl-4-methylidene-1,2,3,4,4a,5,6,8a-octahydronaphthalen-1-yl 2,6-dideoxy-3-C-[(1S)-1-{[(3,4-dichloro-5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl]-beta-D-ribo-hexopyranoside / Amycolamicin


分子量: 939.872 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H60Cl2N4O14
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.12M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.06 M TRIS PH8.5, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→90.45 Å / Num. obs: 20139 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 66.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.93→90.45 Å

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.5 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 2.94→30.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9051 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8493 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.401
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 1012 5.06 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1984 20004 99.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2479 Å20 Å2-2.3384 Å2
2--8.1216 Å20 Å2
3----13.3695 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.346 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→30.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5875 0 256 18 6149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016253HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.258558HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2195SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes166HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes979HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it6253HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion873SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7255SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.94→3.1 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 135 4.63 %
Rwork0.2162 2780 -
all0.2195 2915 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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