+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4um2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the TPR domain of SMG6 | ||||||
要素 | TELOMERASE-BINDING PROTEIN EST1A | ||||||
キーワード | TELOMERASE-BINDING PROTEIN / NONSENSE MEDIATED MRNA DECAY (NMD) / TPR DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of dephosphorylation / regulation of telomerase activity / negative regulation of telomere capping / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...regulation of dephosphorylation / regulation of telomerase activity / negative regulation of telomere capping / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / regulation of telomere maintenance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / DNA polymerase binding / RNA endonuclease activity / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / 核小体 / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Chakrabarti, S. / Bonneau, F. / Schuessler, S. / Eppinger, E. / Conti, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Phospho-Dependent and Phospho-Independent Interactions of the Helicase Upf1 with the Nmd Factors Smg5-Smg7 and Smg6. 著者: Chakrabarti, S. / Bonneau, F. / Schussler, S. / Eppinger, E. / Conti, E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4um2.cif.gz | 112.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4um2.ent.gz | 83.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4um2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4um2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4um2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67280.852 Da / 分子数: 1 / 断片: TETRATRICOPEPTIDE REPEAT, RESIDUES 580-1166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: Q86US8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | STRUCTURE COVERS RESIDUES 580-1159 OF THE ABOVE SEQUENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.95 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 5.5 詳細: 50MM MES PH 5.5, 200MM AMMONIUM ACETATE, 2.5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→49.3 Å / Num. obs: 37397 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.1→49.2 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.84 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|