PDB-4u97: Crystal Structure of Asymmetric IRAK4 Dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u97

タイトル

Crystal Structure of Asymmetric IRAK4 Dimer

要素

Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

IRAK4

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Kinase (キナーゼ) /

Autophosphorylation (自己リン酸化) / Dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity /

interleukin-1 receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Ferrao, R. / Wu, H.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: IRAK4 Dimerization and trans-Autophosphorylation Are Induced by Myddosome Assembly.
著者: Ferrao, R. / Zhou, H. / Shan, Y. / Liu, Q. / Li, Q. / Shaw, D.E. / Li, X. / Wu, H.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u97.cif.gz	233.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u97.ent.gz	191.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u9aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u9a-d 6ege-d 5u42-d 5u3z-d 2znp-d 2qub-4 5xqk-d 5xsb-d 6ikk-d 5xsm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (4) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (2) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (2)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.580, 87.580, 421.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-609- HOH

#1: タンパク質	Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64 分子量: 34820.469 Da / 分子数: 2 / 変異: D311N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン / スタウロスポリン分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₆N₄O₃ コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Set up at 10 mg/mL with staurosporine at a 2:1 molar ratio. Mixed with equal volumes 1.6-1.9 M ammonium sulfate, 100 mM Hepes-NaOH at pH7.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→41.81 Å / Num. obs: 29127 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 83.2 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 37.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→41.807 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2506	2000	6.87 %
R_work	0.2026	-	-
obs	0.2058	29121	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→41.807 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4264	0	85	97	4446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4430
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.111	5994
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.712	1624
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7163	0.3173	138	0.2707	1864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7163-2.7897	0.3275	138	0.2438	1872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7897-2.8718	0.324	139	0.2416	1893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8718-2.9644	0.2811	140	0.2506	1888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9644-3.0704	0.2853	138	0.2254	1885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0704-3.1932	0.311	141	0.2327	1911	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1932-3.3385	0.2742	141	0.2328	1903	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3385-3.5144	0.2898	141	0.2104	1925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5144-3.7345	0.2245	142	0.1935	1913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7345-4.0226	0.2055	142	0.173	1941	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0226-4.427	0.2115	144	0.1582	1945	X-RAY DIFFRACTION	100
4.427-5.0667	0.2011	146	0.1614	1984	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0667-6.3799	0.2701	149	0.203	2011	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3799-41.8124	0.2428	161	0.2171	2186	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2449	-0.3081	0.3042	0.1504	-0.6113	2.7248	-0.3311	0.0619	-1.0817	-0.3603	-0.1654	-0.6251	1.5483	0.5417	0.1664	1.31	0.4622	0.0094	1.02	0.1943	0.918	88.5052	10.9806	26.4227
2	0.94	-0.0474	-0.2773	2.9489	-0.4281	1.7191	0.07	-0.4065	-0.5956	-0.2339	-0.0787	-0.2328	0.809	0.7163	0.7689	0.9673	0.5081	-0.0411	0.9186	0.3176	0.8826	90.8955	14.9537	27.5354
3	1.1722	0.3764	-0.6183	1.1768	0.1774	1.9344	0.1747	-0.3063	-0.538	-0.178	-0.3252	-1.1383	0.593	0.8929	0.5106	0.5645	0.3555	0.0527	1.4888	0.4536	1.1601	102.2327	25.3167	24.4977
4	2.6467	0.2392	-0.3002	2.921	0.232	2.4749	0.1851	-0.4209	-0.236	-0.368	-0.2843	-0.7998	0.3887	1.0585	-0.0286	0.165	0.1268	0.0196	0.9497	0.1746	0.4751	90.9866	31.5539	23.4117
5	4.6496	-0.5063	-1.3664	1.8008	0.351	0.8126	0.2602	0.6764	-0.144	-0.5445	-0.3895	-0.2658	0.2424	0.4452	-0.1457	0.2543	0.1415	0.1295	0.7473	0.1246	0.3758	87.6108	38.2265	10.3592
6	7.9392	-1.0029	-0.7462	6.7848	-0.703	4.03	1.0998	0.6291	1.4422	-0.8642	-0.476	0.0161	-1.0339	0.3237	-0.2778	0.4883	0.1329	0.1914	0.7363	0.1196	0.5344	78.572	49.7272	9.1607
7	5.6777	0.9777	-0.1091	2.5271	0.156	1.3402	0.5809	-0.5324	0.8506	-0.1393	-0.3391	-0.5654	-0.8984	0.5427	-0.2017	0.3507	-0.1134	0.1859	0.7227	0.0176	0.5264	88.0282	48.6804	19.9053
8	5.4888	-4.0519	-3.3915	3.1822	3.6366	8.9107	0.4372	0.1035	-0.7613	0.1239	-0.7421	2.8464	2.5424	-1.4548	0.053	1.3495	-0.4301	-0.4517	0.8615	0.031	1.2596	88.6256	15.7454	-35.5114
9	5.1644	2.8012	3.4051	9.3128	1.968	7.0921	-0.3852	0.0084	-1.5784	-0.2899	0.4865	-0.3075	3.2274	-0.0601	-0.2495	1.1323	0.0088	0.0554	0.5164	-0.0731	0.6187	100.6248	14.9463	-28.8418
10	6.4653	-5.9848	-5.9496	5.576	5.508	5.4952	-1.1153	-0.9434	-1.0121	1.1429	0.2802	0.4827	1.9912	-0.4939	0.9193	0.7071	-0.0604	0.0615	0.8066	0.1312	0.6407	99.6922	21.9053	-24.7926
11	6.0063	-1.6979	-1.0292	3.8574	-0.4305	3.4349	-0.1668	0.4159	0.4239	-1.0561	0.7728	1.4869	2.0146	-1.091	-0.3583	0.6654	-0.3084	-0.0811	0.6885	0.124	0.5917	92.7031	21.9118	-31.4286
12	0.1136	-0.721	0.1002	5.7254	1.6774	4.5045	0.1545	0.1149	-0.2942	0.3297	-0.1019	2.3	0.7246	-1.7735	-0.2856	0.4881	-0.0562	0.0131	1.6943	0.1252	1.1061	80.866	29.5957	-24.6522
13	2.7691	-0.4437	-0.8976	2.4848	-0.2474	2.4751	-0.0392	0.1504	-0.1206	-0.1505	0.2481	0.5098	0.0356	-1.1099	-0.1111	0.1317	0.0994	0.0829	0.8627	0.1178	0.366	93.8606	37.1519	-24.8345
14	0.9617	-0.8696	-0.7551	1.5848	1.3771	1.1987	-0.0341	-0.366	-1.0016	0.5702	0.516	0.4997	0.5173	-0.7458	-0.6509	0.4535	0.0584	0.1221	1.0993	0.2241	0.8415	92.2186	31.4359	-7.963
15	4.4286	-0.1651	-1.7526	2.0469	-0.866	3.2349	0.219	-0.6282	0.3746	0.5685	-0.0333	0.1009	-1.1294	-0.4007	-0.5274	0.3805	0.215	0.252	0.8549	0.0013	0.3401	98.3666	47.3032	-10.2223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 166 through 197 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 198 through 226 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 227 through 247 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 248 through 350 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 351 through 395 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 396 through 413 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 414 through 458 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 166 through 177 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 178 through 184 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 185 through 197 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 198 through 217 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 226 through 247 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 248 through 324 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 325 through 354 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 355 through 458 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)