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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u5m | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of a left-handed DNA G-quadruplex | |||||||||||||||
要素 | DNA (28-MER) | |||||||||||||||
キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / quadruplex | |||||||||||||||
機能・相同性 | : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Phan, A.T. / Brahim, H. / Chung, W.J. / Lim, K.W. | |||||||||||||||
資金援助 | シンガポール, フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Structure of a left-handed DNA G-quadruplex. 著者: Chung, W.J. / Heddi, B. / Schmitt, E. / Lim, K.W. / Mechulam, Y. / Phan, A.T. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4u5m.cif.gz | 43.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4u5m.ent.gz | 33.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4u5m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/4u5m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 8872.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.08 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: methyl pentane diol, cacodylate, KCl, Mg |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→45 Å / Num. all: 9887 / Num. obs: 9887 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / % possible all: 77.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→44.935 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.935 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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