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- PDB-4tqs: Ternary complex of Y-family DNA polymerase Dpo4 with (5'S)-8,5'-C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tqs
タイトルTernary complex of Y-family DNA polymerase Dpo4 with (5'S)-8,5'-Cyclo-2'-deoxyguanosine and dCTP
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*(2LF)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / Y-family DNA polymerase / DNA damage (DNA修復) / cyclopurine / translesion DNA synthesis (DNA修復) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Zhao, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Kinetic and Structural Mechanisms of (5'S)-8,5'-Cyclo-2'-deoxyguanosine-Induced DNA Replication Stalling.
著者: Xu, W. / Ouellette, A.M. / Wawrzak, Z. / Shriver, S.J. / Anderson, S.M. / Zhao, L.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name / _struct_keywords.text
改定 2.02019年10月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / ndb_struct_na_base_pair_step ...atom_site / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / refine_hist / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*(2LF)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
T: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*(2LF)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,14314
ポリマ－100,5296
非ポリマー1,6148
水8,791488
1
A: DNA polymerase IV
P: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
T: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*(2LF)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0727
ポリマ－50,2653
非ポリマー8074
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase IV
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*(2LF)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0727
ポリマ－50,2653
非ポリマー8074
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.120, 184.242, 52.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / / Pol IV


分子量: 41086.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNAポリメラーゼ

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CPDT

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*T)-3')


分子量: 3807.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*AP*CP*(2LF)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5370.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 496分子

#4: 化合物 ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP / デオキシシチジン三リン酸


分子量: 467.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-DOC / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / ddCMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 291.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 220 microM Dpo4, 264 microM primer-template DNA complex, 5 mM MgCl2, 1 mM dTTP, 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 60 mM NaCl, 2% glycerol (v/v), and 5 mM 2-mercaptoethanol were incubated at 37 C for 5 ...詳細: 220 microM Dpo4, 264 microM primer-template DNA complex, 5 mM MgCl2, 1 mM dTTP, 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 60 mM NaCl, 2% glycerol (v/v), and 5 mM 2-mercaptoethanol were incubated at 37 C for 5 min. Droplets (a 1:1 mixture of Dpo4-DNA complex mixture and the reservoir solution, v/v) were equilibrated against a reservoir solution containing 0.1M Tris-HCl (pH 7.4), 15% polyethylene glycol 3350 (w/v), 0.1 M Ca(CH3COO)2, and 2% glycerol (v/v).

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→28.407 Å / Num. obs: 58860 / % possible obs: 98.52 % / Biso Wilson estimate: 20.37 Å2
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.06→28.407 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2899 2717 4.86 %
Rwork0.2282 53191 -
obs0.2312 55908 98.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.19 Å2 / Biso mean: 26.3748 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→28.407 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5221 1044 96 488 6849
Biso mean--26.48 27.04 -
残基数----736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1479101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.732471
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.06-2.09750.36531610.28282768292998
2.0975-2.13780.32041500.27782789293999
2.1378-2.18140.33171470.26552832297999
2.1814-2.22880.35341240.26012805292999
2.2288-2.28070.30681570.25532805296299
2.2807-2.33770.29721580.24832752291099
2.3377-2.40080.33091510.24512794294598
2.4008-2.47140.32191530.2452827298099
2.4714-2.55120.33571730.23912731290498
2.5512-2.64230.34261400.24062781292198
2.6423-2.7480.32661480.25262852300098
2.748-2.8730.30511410.25112738287998
2.873-3.02430.29921310.24482793292498
3.0243-3.21350.29441010.23092838293998
3.2135-3.46120.30511530.20272798295198
3.4612-3.80880.23751440.20182787293199
3.8088-4.35820.2041170.19052867298499
4.3582-5.48440.26771470.19852819296699
5.4844-28.40980.24661210.22342815293697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8673-0.25210.73790.72790.15020.72990.04680.02-0.04980.073-0.0095-0.00520.002-0.0455-0.0460.1256-0.00520.02760.0996-0.01590.144718.405137.892434.3369
20.861-0.0034-0.30781.0851-0.98561.87780.0491-0.1411-0.0912-0.024-0.0602-0.0003-0.08960.16160.00460.14920.0087-0.03070.1087-0.06290.1119-6.676-0.726630.1501
31.42510.5950.62380.3126-0.14043.2430.32080.5433-0.04910.0384-0.27390.5941-0.2012-0.20750.04010.21290.1332-0.02250.2956-0.01360.51037.607846.598724.3351
44.52820.10910.72260.14710.32530.9639-0.00890.7401-0.1201-0.01110.13590.4832-0.8599-0.2904-0.01130.35840.24630.08710.12310.05190.55667.04348.885825.9986
53.7549-0.58221.10243.3162-0.9615.39570.1133-0.2219-0.28160.3214-0.17250.09390.19470.88170.05380.3970.016-0.09970.2797-0.00040.10530.3151-8.548142.5866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B'B0 - 342
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A'A1 - 342
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D'D6 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C'C1 - 13
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'T'T5 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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