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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4tqb | |||||||||
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タイトル | The co-complex structure of the translation initiation factor eIF4E with the inhibitor 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G | |||||||||
要素 | Eukaryotic translation initiation factor 4EEIF4E | |||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / eIF4E (EIF4E) / translation initiation inhibitor / allosteric (アロステリック効果) / 4EGI1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / : / Deadenylation of mRNA ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / : / Deadenylation of mRNA / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / stem cell population maintenance / mTORC1-mediated signalling / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of neuron differentiation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translational initiation / translation initiation factor activity / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / ISG15 antiviral mechanism / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / postsynapse / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of translation / nuclear speck / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Papadopoulos, E. / Jenni, S. / Wagner, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Structure of the eukaryotic translation initiation factor eIF4E in complex with 4EGI-1 reveals an allosteric mechanism for dissociating eIF4G. 著者: Papadopoulos, E. / Jenni, S. / Kabha, E. / Takrouri, K.J. / Yi, T. / Salvi, N. / Luna, R.E. / Gavathiotis, E. / Mahalingam, P. / Arthanari, H. / Rodriguez-Mias, R. / Yefidoff-Freedman, R. / ...著者: Papadopoulos, E. / Jenni, S. / Kabha, E. / Takrouri, K.J. / Yi, T. / Salvi, N. / Luna, R.E. / Gavathiotis, E. / Mahalingam, P. / Arthanari, H. / Rodriguez-Mias, R. / Yefidoff-Freedman, R. / Aktas, B.H. / Chorev, M. / Halperin, J.A. / Wagner, G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4tqb.cif.gz | 266.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4tqb.ent.gz | 218 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4tqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/4tqb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22290.334 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06730 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-34K / ( | #4: 化合物 | ChemComp-MES / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000 12-20%, 100mM MES pH 6.5, 10% IPN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.91956 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91956 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→19.39 Å / Num. obs: 46347 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.14 % / Net I/σ(I): 14.1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→19.39 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→19.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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