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- PDB-4tph: Selectivity mechanism of a bacterial homologue of the human drug ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tph
タイトルSelectivity mechanism of a bacterial homologue of the human drug peptide transporters PepT1 and PepT2
要素Proton:oligopeptide symporter POT family
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / secondary active transporter / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / MFS general substrate transporter like domains / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
アラニン / 3,5 DIBROMOTYROSINE / Proton:oligopeptide symporter POT family
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.155 Å
データ登録者Guettou, F. / Quistgaard, E. / Raba, M. / Moberg, P. / Low, C. / Nordlund, P.
資金援助 スウェーデン, シンガポール, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Swedish Cancer Society スウェーデン
EDICT スウェーデン
NRF-CRP シンガポール
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Selectivity mechanism of a bacterial homolog of the human drug-peptide transporters PepT1 and PepT2.
著者: Guettou, F. / Quistgaard, E.M. / Raba, M. / Moberg, P. / Low, C. / Nordlund, P.
履歴
登録2014年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年8月27日Group: Data collection / Other
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton:oligopeptide symporter POT family
B: Proton:oligopeptide symporter POT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4748
ポリマ－114,4482
非ポリマー2,0256
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area38300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.650, 107.680, 204.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proton:oligopeptide symporter POT family


分子量: 57224.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: SO_1277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EHE6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#5: 化合物 ChemComp-DBY / 3,5 DIBROMOTYROSINE / 3,5-ジブロモ-L-チロシン / Dibromotyrosine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 338.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H9Br2NO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M phosphate citrate pH 4.0, 36% PEG300, 0.12 M ZnCl2
PH範囲: 4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→29.54 Å / Num. obs: 24515 / % possible obs: 77.5 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 14.06
反射 シェル解像度: 3.16→3.24 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LEP

4lep


解像度: 3.155→29.543 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3073 1254 5.12 %
Rwork0.2507 --
obs0.2537 24515 78.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.155→29.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6844 0 126 0 6970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7949739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2772329
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091165
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1553-3.28150.2643380.3321802X-RAY DIFFRACTION25
3.2815-3.43060.3598860.31221488X-RAY DIFFRACTION46
3.4306-3.61120.38431020.30882036X-RAY DIFFRACTION62
3.6112-3.8370.34041430.31752494X-RAY DIFFRACTION76
3.837-4.13250.37631820.27022993X-RAY DIFFRACTION93
4.1325-4.5470.30031740.2143284X-RAY DIFFRACTION100
4.547-5.20190.22721650.20123341X-RAY DIFFRACTION100
5.2019-6.54210.34711870.28023324X-RAY DIFFRACTION100
6.5421-29.54420.28761770.24653499X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40530.69690.86376.6330.2043.19920.03770.27210.1363-0.2517-0.16790.2010.0213-0.27460.13980.55750.06090.15490.78720.05780.6297-38.939-63.860824.0864
20.92360.3196-0.20084.5113-0.04212.22740.13250.1379-0.064-0.4146-0.1149-0.6006-0.05730.481-0.01070.69590.07520.2940.799-0.01770.7644-23.2166-16.761330.1976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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