PDB-4tkz: Crystal structure of phosphotransferase system component EIIA fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tkz

タイトル

Crystal structure of phosphotransferase system component EIIA from Streptococcus agalactiae

要素

Putative uncharacterized protein gbs1890

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

PHOSPHOTRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system /

kinase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae NEM316 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nakamichi, Y. / Maruyama, Y. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Grants-in-Aid for Scientific Research for Japan Society for the Promotion of Science		日本
Targeted Proteins Research Program from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science, and Technology		日本
Research Fellowships from the Japan Society for the Promotion of Science for Young Scientists		日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phosphotransferase system component EIIA from Streptococcus agalactiae
著者: Nakamichi, Y. / Maruyama, Y. / Oiki, S. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2014年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tkz.cif.gz	164.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tkz.ent.gz	131 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/4tkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/4tkz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pdoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ru1-10 1rlm-4 3cc8-d 4ru1-4 4ru1-3 6kfn-d 1rlm-2 4ru1-6 4ru1-11 3lft-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein gbs1890

B: Putative uncharacterized protein gbs1890

C: Putative uncharacterized protein gbs1890

D: Putative uncharacterized protein gbs1890

E: Putative uncharacterized protein gbs1890

F: Putative uncharacterized protein gbs1890

ヘテロ分子

101 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein gbs1890

B: Putative uncharacterized protein gbs1890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Putative uncharacterized protein gbs1890

ヘテロ分子

C: Putative uncharacterized protein gbs1890

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Putative uncharacterized protein gbs1890

ヘテロ分子

F: Putative uncharacterized protein gbs1890

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.293, 53.800, 94.887
Angle α, β, γ (deg.)	91.14, 90.02, 60.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein gbs1890 分子量: 16671.076 Da / 分子数: 6 / 変異: R403E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae NEM316 (バクテリア) 株: NEM316 / 遺伝子: gbs1890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8E371, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 / 詳細: sodium thiocyanate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 80444 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PDO

1pdo

解像度: 1.8→33.78 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2419	4012	5 %	Random selection
R_work	0.2064	-	-	-
obs	0.2082	80171	95.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5964	0	66	265	6295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	8362
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.697	2245
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1041

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8212	0.3679	138	0.2642	2274	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8212-1.8434	0.3529	125	0.2581	2614	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8434-1.8667	0.3107	147	0.2426	2696	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8667-1.8913	0.2584	146	0.2291	2522	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8913-1.9172	0.2897	134	0.2467	2605	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9172-1.9446	0.3009	125	0.2337	2625	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9446-1.9736	0.2675	141	0.228	2644	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9736-2.0044	0.2653	125	0.2221	2689	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0044-2.0373	0.2829	119	0.2224	2605	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0373-2.0724	0.2432	153	0.2226	2676	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0724-2.1101	0.2669	134	0.2213	2595	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1101-2.1507	0.2736	158	0.2179	2625	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1507-2.1946	0.2693	128	0.2018	2619	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1946-2.2423	0.2823	142	0.2221	2720	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2423-2.2944	0.2655	133	0.2109	2606	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2944-2.3518	0.2654	157	0.2162	2680	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3518-2.4154	0.2253	136	0.2103	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4154-2.4864	0.2476	127	0.2183	2677	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4864-2.5666	0.2775	133	0.2083	2677	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5666-2.6583	0.2381	131	0.2272	2644	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6583-2.7647	0.2547	149	0.2313	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7647-2.8905	0.264	131	0.2215	2656	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8905-3.0428	0.2691	156	0.2294	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0428-3.2333	0.265	138	0.2181	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2333-3.4827	0.2471	152	0.2208	2657	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4827-3.8327	0.2284	138	0.1943	2640	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8327-4.3863	0.2031	116	0.1715	2613	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3863-5.5224	0.2063	156	0.1606	2568	X-RAY DIFFRACTION	95
5.5224-33.7861	0.1803	144	0.1887	2576	X-RAY DIFFRACTION	94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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