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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4rw3
タイトル
Structural insights into substrate binding of brown spider venom class II phospholipases D
要素
Phospholipase D LiSicTox-alphaIA1bii
キーワード
HYDROLASE (加水分解酵素) / TIM-barrel fold
機能・相同性
機能・相同性情報
phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / toxin activity / killing of cells of another organism / lyase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
解像度: 1.72→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.898 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.223
2808
10 %
RANDOM
Rwork
0.18295
-
-
-
obs
0.18703
25218
99.83 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK