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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rgw | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a TAF1-TAF7 Complex in Human Transcription Factor IID | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/Transcription / triple barrel / winged helix / transcriptional regulation / DNA binding (デオキシリボ核酸) / Phosphorylation (リン酸化) / nucleus (細胞核) / Transferase-Transcription complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity ...spermine transport / negative regulation of MHC class I biosynthetic process / TFIIH-class transcription factor complex binding / negative regulation of protein autoubiquitination / transcription factor TFTC complex / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / nuclear vitamin D receptor binding / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / cellular response to ATP / histone acetyltransferase binding / midbrain development / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / P-TEFb complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular estrogen receptor signaling pathway / regulation of DNA repair / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / nuclear receptor binding / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / p53 binding / positive regulation of protein binding / kinase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / protein autophosphorylation / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.301 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Curran, E.C. / Hinds, T.R. / Wang, E.H. / Zheng, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of a TAF1-TAF7 complex in human transcription factor IID reveals a promoter binding module. 著者: Wang, H. / Curran, E.C. / Hinds, T.R. / Wang, E.H. / Zheng, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rgw.cif.gz | 128.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rgw.ent.gz | 99.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rgw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73418.359 Da / 分子数: 1 / 断片: DUF3591 domain, UNP residues 579-1215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): High Five 参照: UniProt: P21675, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ, non-specific serine/threonine protein kinase | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 40412.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF7, TAF2F, TAFII55 / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): High Five / 参照: UniProt: Q15545 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 7.4, 20% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月6日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 36320 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1776 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.301→47.271 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.301→47.271 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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