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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rch | ||||||
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タイトル | Discovery of 2-Pyridyl Ureas as Glucokinase Activators | ||||||
要素 | Glucokinaseグルコキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / NADP metabolic process / glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / 解糖系 / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Voegtli, W. / Vigers, G.P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Discovery of 2-pyridylureas as glucokinase activators. 著者: Hinklin, R.J. / Aicher, T.D. / Anderson, D.A. / Baer, B.R. / Boyd, S.A. / Condroski, K.R. / DeWolf, W.E. / Kraser, C.F. / McVean, M. / Rhodes, S.P. / Sturgis, H.L. / Voegtli, W.C. / Williams, L. / Houze, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rch.cif.gz | 102.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rch.ent.gz | 77.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rch.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rch | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4mleS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53026.219 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 16-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35557, グルコキナーゼ |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / |
#3: 化合物 | ChemComp-3LZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Hepes, pH 7.0, 28% PEG 1500, 5% glycerol, 50 mM glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日 / 詳細: Rh coated flat mirror |
放射 | モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→29.19 Å / Num. all: 28458 / Num. obs: 28432 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.99 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 8.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 10.42 % / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4054 / Rsym value: 0.285 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4MLE 解像度: 2.3→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 6.648 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.174 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.19 Å
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拘束条件 |
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