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- PDB-4r98: Chimera of the N-terminal domain of E. coli FeoB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r98
タイトルChimera of the N-terminal domain of E. coli FeoB
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / FeoB
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion import across plasma membrane / ferrous iron transmembrane transporter activity / DNA damage response / GTP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain ...Helix Hairpins - #1770 / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Fe(2+) transporter FeoB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Maher, M.J. / Jormakka, M.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2014
タイトル: A GTPase Chimera Illustrates an Uncoupled Nucleotide Affinity and Release Rate, Providing Insight into the Activation Mechanism.
著者: Guilfoyle, A.P. / Deshpande, C.N. / Font Sadurni, J. / Ash, M.R. / Tourle, S. / Schenk, G. / Maher, M.J. / Jormakka, M.
履歴
登録2014年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2203
ポリマ－59,7782
非ポリマー4421
水48627
1
A: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3312
ポリマ－29,8891
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferrous iron transport protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8891
ポリマ－29,8891
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.452, 48.452, 233.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Ferrous iron transport protein B


分子量: 29889.139 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-270) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: feoB, b3409, JW3372 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33650
#2: 化合物 ChemComp-GNH / AMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 442.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS STRUCTURE IS REPRESENTING A MODIFIED SUB CLONE OF FEOB, WHERE A SHORT SEGMENT HAS BEEN ...THIS STRUCTURE IS REPRESENTING A MODIFIED SUB CLONE OF FEOB, WHERE A SHORT SEGMENT HAS BEEN REPLACED FOR FUNCTIONAL STUDIES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22 % PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane pH 6.5 and 0.2 M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極APS 23-ID-BRIGAKU RU20011.54
Australian Synchrotron MX22
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.502
11-H, K, -L20.498
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 26345 / Num. obs: 26345 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.224 / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→44.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.185 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28101 1320 5 %RANDOM
Rwork0.24928 ---
obs0.25089 24927 99.03 %-
all-26247 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.27 Å20 Å20 Å2
2--6.27 Å20 Å2
3----12.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→44.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3960 0 28 27 4015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8841.9865522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.66639035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6375514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80725.141177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14315691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6571525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02873
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2953.9542065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2953.9542064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5615.9272573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.5615.9272574
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.0993.9541987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.0993.9541988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.2415.9262949
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.26430.854481
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.26430.8554481
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.217→2.274 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 95 -
Rwork0.335 1703 -
obs--92.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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