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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qxi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human AR complexed with NADP+ and AK198 | ||||||
要素 | Aldose reductaseアルドースレダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TIM barrel (TIMバレル) / Aldose reductase (アルドースレダクターゼ) / diabetes (糖尿病) / Halogenated compound (有機ハロゲン化合物) / Cytosolic (細胞質基質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / アルドースレダクターゼ / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-レチノールデヒドロゲナーゼ ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / アルドースレダクターゼ / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-レチノールデヒドロゲナーゼ / L-ascorbic acid biosynthetic process / アリルアルコールデヒドロゲナーゼ / allyl-alcohol dehydrogenase activity / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / epithelial cell maturation / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / electron transfer activity / carbohydrate metabolic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.867 Å | ||||||
データ登録者 | Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Ruiz, F.X. / Fanfrlik, J. / Hobza, P. / Podjarny, A.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015 タイトル: The Effect of Halogen-to-Hydrogen Bond Substitution on Human Aldose Reductase Inhibition. 著者: Fanfrlik, J. / Ruiz, F.X. / Kadlcikova, A. / Rezac, J. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Haldar, S. / Lepsik, M. / Kolar, M.H. / Majer, P. / Podjarny, A.D. / Hobza, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qxi.cif.gz | 167.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qxi.ent.gz | 130.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qxi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/4qxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/4qxi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1us0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1B1, ALDR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15121, アルドースレダクターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-I98 / { |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS RESIDUE IS BASED ON GENBANK DATABASE AAA51714. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50 mM ammonium citrate, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.867→50 Å / Num. all: 219664 / Num. obs: 219664 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 6.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 26.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1US0 解像度: 0.867→27.589 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: R-free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 12.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.867→27.589 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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