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- PDB-4qfu: Crystal structure of a glycoside hydrolase family 5 (BVU_2644) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qfu
タイトルCrystal structure of a glycoside hydrolase family 5 (BVU_2644) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.90 A resolution
要素glycoside hydrolase family 5
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / putative catalytic domain / TIM barrel fold / PF13204 family / beta-sandwich fold / PF12904 family / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative collagen-binding domain / Putative collagen-binding domain of a collagenase / Putative glycohydrolase domain DUF4038 / Protein of unknown function (DUF4038) / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
硝酸塩 / サルコシン / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a glycoside hydrolase family 5 (BVU_2644) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycoside hydrolase family 5
B: glycoside hydrolase family 5
C: glycoside hydrolase family 5
D: glycoside hydrolase family 5
E: glycoside hydrolase family 5
F: glycoside hydrolase family 5
G: glycoside hydrolase family 5
H: glycoside hydrolase family 5
I: glycoside hydrolase family 5
J: glycoside hydrolase family 5
K: glycoside hydrolase family 5
L: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)685,78354
ポリマ－682,06812
非ポリマー3,71542
水95,8945323
1
A: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1114
ポリマ－56,8391
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1735
ポリマ－56,8391
非ポリマー3344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0824
ポリマ－56,8391
非ポリマー2433
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1114
ポリマ－56,8391
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2916
ポリマ－56,8391
非ポリマー4525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1735
ポリマ－56,8391
非ポリマー3344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2005
ポリマ－56,8391
非ポリマー3614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1114
ポリマ－56,8391
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1114
ポリマ－56,8391
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1114
ポリマ－56,8391
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2005
ポリマ－56,8391
非ポリマー3614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: glycoside hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1114
ポリマ－56,8391
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.950, 117.589, 125.249
Angle α, β, γ (deg.)91.600, 92.820, 98.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
glycoside hydrolase family 5 /


分子量: 56839.027 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
株: ATCC 8482 / 遺伝子: BVU_2644 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6L3N2

-
非ポリマー , 5種, 5365分子

#2: 化合物...
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-SAR / SARCOSINE / サルコシン / サルコシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (25-489) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17M magnesium nitrate, 18.0% polyethylene glycol 3350, 0.01M Sarcosine, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97932,0.97885
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月31日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979321
30.978851
反射解像度: 1.9→46.868 Å / Num. obs: 459821 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.214 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.970.4152.19829442659180.9
1.97-2.050.3092.811368847999192.6
2.05-2.140.2383.710731145351191.7
2.14-2.250.1874.610631445013189.7
2.25-2.390.1465.710302543586185.1
2.39-2.580.126.911674249128192.9
2.58-2.840.088911146847015191.5
2.84-3.250.06112.610607945091188.2
3.25-4.080.04416.811011846988192.6
4.08-46.8680.04119.110757446400189.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換, 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PHASER2.3.0位相決定
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.868 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9638 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9512 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. CL, SAR AND MRD MODELED ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1716 22984 5 %RANDOM
Rwork0.1422 ---
obs0.1437 459820 89.45 %-
原子変位パラメータBiso max: 138.42 Å2 / Biso mean: 30.072 Å2 / Biso min: 10.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20.5143 Å21.5002 Å2
2--2.3544 Å21.5978 Å2
3----1.0345 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.201 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.868 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45399 0 234 5323 50956
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d21457SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1311HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6945HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it47460HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5720SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact58662SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d47460HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg64436HARMONIC20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.74
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2173 1336 4.73 %
Rwork0.1936 26922 -
all0.1947 28258 -
obs--89.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49450.0238-0.13310.5910.10590.3447-0.0019-0.03620.00780.0653-0.00880.08590.0661-0.03570.0107-0.0157-0.0131-0.008-0.06570.0016-0.01-82.7786-62.170656.5283
20.3232-0.0374-0.14480.49870.1030.4179-0.0196-0.02510.0180.01180.0181-0.018-0.07070.03260.0014-0.0012-0.00830.001-0.05560.0103-0.0179-53.7584-106.280150.2858
30.3445-0.21070.01050.8831-0.05170.44630.03270.0646-0.0296-0.1735-0.0231-0.0251-0.01560.021-0.0096-0.0167-0.00580.0026-0.0485-0.0004-0.0362-61.9743-29.554422.7417
40.56780.08150.3320.64780.01040.91-0.04210.1241-0.045-0.06130.0948-0.0665-0.1760.2236-0.0528-0.0595-0.07250.0453-0.0169-0.047-0.0747-78.7182-63.1934-2.6322
50.3936-0.13040.07310.79480.29290.56330.0136-0.00380.02130.15110.0425-0.25680.07860.0957-0.0561-0.06020.0108-0.0917-0.08650.00620.0374-38.868-36.8966.0123
60.7014-0.09630.26250.48530.05390.99260.0728-0.0276-0.119-0.02560.0020.03380.2789-0.0564-0.07480.0017-0.0268-0.0209-0.11660.0139-0.0381-94.9704-110.8856-10.9951
70.6394-0.25790.12270.5880.15250.60860.0204-0.15040.00240.22430.0113-0.00230.1055-0.0441-0.03170.0504-0.0387-0.003-0.07410.0205-0.1024-54.1342-130.130293.7292
81.0892-0.05020.04410.27790.08920.63170.0234-0.21650.06350.0919-0.0182-0.00320.075-0.0559-0.0052-0.0518-0.04130.0232-0.0258-0.0117-0.0571-110.4951-86.64830.0301
90.445-0.1389-0.09621.34610.530.46580.06570.0658-0.1059-0.1931-0.20110.3886-0.0985-0.150.1354-0.09470.0386-0.0448-0.0757-0.05870.0315-92.402-138.090459.7446
100.6353-0.36170.03570.72150.03660.65250.07360.14420.0044-0.1966-0.05130.06060.0181-0.1247-0.0223-0.04930.0094-0.0165-0.01350.0274-0.0761-10.9226-88.402882.0402
110.42620.0278-0.05510.4677-0.28580.75450.02930.11050.0340.0047-0.04060.11380.0357-0.2680.0113-0.1449-0.01410.04040.0726-0.0241-0.0318-32.4363-85.5969-1.0811
120.93230.05430.4930.50860.13721.0547-0.1316-0.18630.1578-0.00760.04810.0606-0.4637-0.24640.08350.07390.1332-0.0121-0.124-0.016-0.1094-12.7219-47.2039113.5436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|25 - 489}A25 - 489
2X-RAY DIFFRACTION2{B|-8 - 488}B-8 - 488
3X-RAY DIFFRACTION3{C|26 - 488}C26 - 488
4X-RAY DIFFRACTION4{D|25 - 489}D25 - 489
5X-RAY DIFFRACTION5{E|-8 - 489}E-8 - 489
6X-RAY DIFFRACTION6{F|-8 - 488}F-8 - 489
7X-RAY DIFFRACTION7{G|25 - 489}G25 - 489
8X-RAY DIFFRACTION8{H|26 - 489}H26 - 489
9X-RAY DIFFRACTION9{I|25 - 489}I25 - 489
10X-RAY DIFFRACTION10{J|26 - 488}J26 - 488
11X-RAY DIFFRACTION11{K|26 - 488}K26 - 488
12X-RAY DIFFRACTION12{L|26 - 488}L26 - 488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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