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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4p4u | ||||||
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タイトル | Nucleotide-free stalkless-MxA | ||||||
要素 | Interferon-induced GTP-binding protein Mx1 | ||||||
キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN/HYDROLASE (抗ウイルス薬) / GTPase (GTPアーゼ) / dynamin-related protein / antiviral (抗ウイルス薬) / mechano-enzyme / HYDROLASE (加水分解酵素) / GTP-BINDING PROTEIN (Gタンパク質) / ANTIVIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex (抗ウイルス薬) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-27-mediated signaling pathway / response to type I interferon / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / response to virus / defense response / ISG15 antiviral mechanism / Interferon alpha/beta signaling / microtubule binding / defense response to virus ...interleukin-27-mediated signaling pathway / response to type I interferon / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / response to virus / defense response / ISG15 antiviral mechanism / Interferon alpha/beta signaling / microtubule binding / defense response to virus / 核膜 / 微小管 / 自然免疫系 / GTPase activity / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Rennie, M.L. / McKelvie, S.A. / Bulloch, E.M. / Kingston, R.L. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: Transient Dimerization of Human MxA Promotes GTP Hydrolysis, Resulting in a Mechanical Power Stroke. 著者: Rennie, M.L. / McKelvie, S.A. / Bulloch, E.M. / Kingston, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4p4u.cif.gz | 155.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4p4u.ent.gz | 122.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4p4u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p4u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p4u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40392.066 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 37-364 and 632-662 via 4 residue LINKER GSGS 変異: C42S, C322S, C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20591 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Chimera protein is stalkless-MxA made of UNP residues 37-364, LINKER GSGS, UNP residues 632-662 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 / 詳細: 2.0-2.5M Ammonium sulfate, 0.2M AMPSO/KOH pH9.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45.2 Å / Num. obs: 29671 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 9.289 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.228 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→45.2 Å
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拘束条件 |
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